ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CNS1.1 精密化 SBC-Collectデータ収集 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.7→34.08 Å / Rfactor Rfree error : 0.003 / Data cutoff high absF : 385804.99 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.236 6392 10.2 % RANDOM Rwork 0.199 - - - all 0.203 - - - obs 0.199 62952 92.4 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 50.5508 Å2 / ksol : 0.389382 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 19.2 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1.67 Å2 -0.24 Å2 -0.99 Å2 2- - 2.03 Å2 0.55 Å2 3- - - -0.36 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.25 Å 0.2 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.25 Å 0.21 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.7→34.08 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4635 0 52 540 5227
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.009 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.5 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d24 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.82 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.74 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it2.44 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it3.18 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it4.66 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error : 0.012 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.361 854 10.2 % Rwork 0.31 7527 - obs - 8381 73.5 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION 3 ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION 4 LIGAND.PARAMLIGAND.TOP