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- PDB-1s58: The structure of B19 parvovirus capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s58
タイトルThe structure of B19 parvovirus capsid
要素B19 parvovirus capsid
キーワードVIRUS / icosahedral capsid / beta-barrel / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A2 activity / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / phospholipase A2 / T=1 icosahedral viral capsid / lipid catabolic process / viral penetration into host nucleus ...phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A2 activity / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / phospholipase A2 / T=1 icosahedral viral capsid / lipid catabolic process / viral penetration into host nucleus / viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Minor capsid protein VP1 / Minor capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, NCS averaging / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kaufmann, B. / Simpson, A.A. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: The structure of human parvovirus B19.
著者: Kaufmann, B. / Simpson, A.A. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2004年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999sequence The sequence for this protein has not been deposited to any sequence database at the time ...sequence The sequence for this protein has not been deposited to any sequence database at the time of processing this file

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B19 parvovirus capsid


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9301
ポリマ－60,9301
非ポリマー00
水00
1
A: B19 parvovirus capsid
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,655,80360
ポリマ－3,655,80360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: B19 parvovirus capsid
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 305 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,6505
ポリマ－304,6505
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: B19 parvovirus capsid
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 366 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,5806
ポリマ－365,5806
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: B19 parvovirus capsid
x 20


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.22 MDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,218,60120
ポリマ－1,218,60120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation19
単位格子
Length a, b, c (Å)351.393, 351.393, 351.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30995633, -0.69837337, -0.6451401), (0.66293147, 0.64514026, -0.37987898), (0.68150694, -0.30994532, 0.66293739)-122.61112, -62.43289, -54.54407
3generate(-0.80656821, -0.46705588, -0.36235538), (0.37427343, 0.07097398, -0.9245949), (0.4575613, -0.88137884, 0.11756025)-81.82517, -163.27348, -154.91292
4generate(-0.80657467, 0.37427957, 0.45755529), (-0.46705853, 0.07097944, -0.88136886), (-0.36235163, -0.92459886, 0.11756125)65.99304, -163.16351, -162.40021
5generate(0.30994588, 0.66293598, 0.68150324), (-0.69837223, 0.64514909, -0.30993778), (-0.64514007, -0.37987678, 0.662939)116.56378, -62.25495, -66.65876
6generate(-0.93160182, -0.08480892, 0.35344687), (-0.08480886, -0.89484299, -0.4382489), (0.35344915, -0.43825203, 0.82644481)-14.60707, -332.72325, -77.0096
7generate(-0.10410188, 0.48634305, 0.86754397), (-0.91817629, -0.3822378, 0.10411406), (0.3822506, -0.78572621, 0.48633969)85.6341, -242.55323, -138.06272
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9generate(0.66294511, -0.6814958, -0.30995974), (0.64514893, 0.30994676, 0.69836092), (-0.3798574, -0.66294802, 0.64514211)-119.64844, -121.14261, -116.39248
10generate(-0.4575407, -0.80657302, -0.37429045), (0.88137926, -0.46704941, -0.07098415), (-0.1175595, -0.36237093, 0.92459011)-141.47866, -257.68736, -63.61666
11generate(-0.89485529, 0.43823274, 0.08480516), (0.43821989, 0.82645711, 0.35344916), (0.08480269, 0.35344925, -0.93160182)77.18444, -30.47758, 61.79741
12generate(0.07094752, 0.88137973, 0.46705214), (0.92459151, 0.11758974, -0.36235226), (-0.37429533, 0.45754602, -0.80657125)154.9179, -155.08487, 80.14615
13generate(0.92458426, 0.37430507, -0.07096241), (0.11759136, -0.45753883, -0.8813778), (-0.36237744, 0.80657224, -0.46704544)65.71694, -256.02737, 141.46668
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15generate(-0.63811749, -0.34272183, -0.68945101), (-0.66937445, 0.68943266, 0.27681322), (0.38045876, 0.63814012, -0.66934915)-60.05843, -54.40854, 111.77779
16generate(0.82645711, -0.35342382, -0.43825204), (-0.35341103, -0.93161412, 0.08479974), (-0.43825185, 0.08480278, -0.894843)-62.08537, -339.07917, 14.70019
17generate(-0.27680196, -0.66934941, -0.68945601), (-0.66934669, -0.38049221, 0.63811718), (-0.68946221, 0.63812551, -0.34270583)-117.44888, -242.20901, 111.94863
18generate(-0.99939835, -0.02481948, -0.02421834), (-0.02482722, 0.02420163, 0.99939514), (-0.02422609, 0.99940257, -0.02480327)-4.11473, -171.18994, 175.33692
19generate(-0.34272842, 0.68944753, 0.63812511), (0.68944338, -0.27680573, 0.66935975), (0.63812279, 0.66936135, -0.38046584)121.29314, -224.16791, 117.26458
20generate(0.78571231, 0.48635887, 0.38223822), (0.48636742, -0.86753234, 0.10410871), (0.3822408, 0.10410759, -0.91817996)85.46531, -327.92915, 17.98563

-
要素

#1: タンパク質 B19 parvovirus capsid


分子量: 60930.047 Da / 分子数: 1 / 断片: VP2 capsid protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
属: Erythrovirus / 遺伝子: vp2 / プラスミド: AcMNPV-VP2 / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q90201, UniProt: Q9PZT0*PLUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20% MPD, 0.1M Na Cacodylate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.107 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月12日
放射モノクロメーター: Diamond(111) double-bounce monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.107 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. all: 123514 / Num. obs: 123514 / % possible obs: 68 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 76.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique all: 9414 / Rsym value: 0.436 / % possible all: 52.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
ENVELOPEモデル構築
CNS精密化
REFMAC精密化
ENVELOPE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, NCS averaging
開始モデル: cryo-electron microscopy reconstruction

解像度: 3.5→20 Å / Isotropic thermal model: individual isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: above statistics are for model refined with individual isotropic temparature-factors, followed by TLS refinement using REFMAC, which gave the following displacement parameters (rigid unit is ...詳細: above statistics are for model refined with individual isotropic temparature-factors, followed by TLS refinement using REFMAC, which gave the following displacement parameters (rigid unit is the crystal ASU). ORIGIN (0.120 -175.570 -0.120) T (0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000) L (0.1990 0.2145 0.2016 0.0769 -0.0807 -0.0731) S (-0.0063 0.0057 0.0213 -0.0161 -0.0188 -0.0151 -0.0390 0.0000)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 1065 -random
Rwork0.313 ---
all0.313 123514 --
obs0.313 104679 62.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 96.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.7 Å0.8 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.3 Å1.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4108 0 0 0 4108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011307
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.5-3.650.4751090.521X-RAY DIFFRACTION993753
3.65-4.080.4252310.458X-RAY DIFFRACTION2106456
4.08-4.710.3242350.343X-RAY DIFFRACTION2370661
4.71-5.770.312370.297X-RAY DIFFRACTION2227666
5.77-8.160.2151760.207X-RAY DIFFRACTION1855871
8.16-200.284770.245X-RAY DIFFRACTION912968

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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