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万見
- PDB-1s55: Mouse RANKL Structure at 1.9A Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s55
タイトルMouse RANKL Structure at 1.9A Resolution
要素Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
キーワードCYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / tooth eruption / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of osteoclast development / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / tooth eruption / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of osteoclast development / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / osteoclast development / paracrine signaling / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / mammary gland epithelial cell proliferation / monocyte chemotaxis / mammary gland alveolus development / lymph node development / positive regulation of bone resorption / bone resorption / positive regulation of phosphorylation / calcium ion homeostasis / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / JNK cascade / ERK1 and ERK2 cascade / osteoclast differentiation / ossification / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / animal organ morphogenesis / cytokine activity / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of JNK cascade / calcium-mediated signaling / bone development / positive regulation of T cell activation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / immune response / receptor ligand activity / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Teale, M.J. / Feug, X. / Chen, L. / Bice, T. / Meehan, E.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Murine RANKL Extra Cellular Domain Homotrimer Structure In Space Groups P212121 And H3 At 1.9 And 2.6 Respectively
著者: Teale, M.J. / Schorman, N. / Feug, X. / Bice, T. / Meehan, E.J. / DeLucas, L.
履歴
登録2004年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4496
ポリマ－52,3433
非ポリマー1063
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.527, 81.322, 99.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11 / Receptor activator of nuclear factor kappa B ligand / RANKL / TNF-related activation-induced ...Receptor activator of nuclear factor kappa B ligand / RANKL / TNF-related activation-induced cytokine / TRANCE / Osteoprotegerin ligand / OPGL / Osteoclast differentiation factor / ODF / Osteoclastogenesis-inhibitory factor / OCIF


分子量: 17447.539 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 161-316 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: TNFSF11, RANKL, TRANCE, OPGL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O35235
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 %

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.4 Å / Num. all: 42727 / Num. obs: 39244 / % possible obs: 83.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→45.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1247693.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1781 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 35848 83.9 %-
all-42727 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.7446 Å2 / ksol: 0.353347 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.51 Å20 Å20 Å2
2--10.96 Å20 Å2
3----6.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3699 0 3 215 3917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 171 4.8 %
Rwork0.42 3377 -
obs-1711 50.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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