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万見
- PDB-1s4z: HP1 chromo shadow domain in complex with PXVXL motif of CAF-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s4z
タイトルHP1 chromo shadow domain in complex with PXVXL motif of CAF-1
要素
  • Chromatin assembly factor 1 subunit A
  • Chromobox protein homolog 1
キーワードGENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


CAF-1 complex / chromocenter / histone methyltransferase binding / chromo shadow domain binding / DNA replication-dependent chromatin assembly / male pronucleus / female pronucleus / site of DNA damage / chromosome, centromeric region / pericentric heterochromatin ...CAF-1 complex / chromocenter / histone methyltransferase binding / chromo shadow domain binding / DNA replication-dependent chromatin assembly / male pronucleus / female pronucleus / site of DNA damage / chromosome, centromeric region / pericentric heterochromatin / : / spindle / nucleosome assembly / chromatin organization / chromosome, telomeric region / DNA replication / nuclear body / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromatin assembly factor 1 subunit p150, N-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit p150, C-terminal / CAF1 complex subunit p150, region binding to CAF1-p60 at C-term / CAF1 complex subunit p150, region binding to PCNA / : / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Chromatin assembly factor 1 complex p150 subunit, acidic region / Chromatin assembly factor 1 subunit A dimerization domain / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain ...Chromatin assembly factor 1 subunit p150, N-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit p150, C-terminal / CAF1 complex subunit p150, region binding to CAF1-p60 at C-term / CAF1 complex subunit p150, region binding to PCNA / : / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Chromatin assembly factor 1 complex p150 subunit, acidic region / Chromatin assembly factor 1 subunit A dimerization domain / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromobox protein homolog 1 / Chromobox protein homolog 1 / Chromatin assembly factor 1 subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / CNS, ARIA1.1
データ登録者Thiru, A. / Nietlispach, D. / Mott, H.R. / Okuwaki, M. / Lyon, D. / Nielsen, P.R. / Hirshberg, M. / Verreault, A. / Murzina, N.V. / Laue, E.D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structural basis of HP1/PXVXL motif peptide interactions and HP1 localisation to heterochromatin.
著者: Thiru, A. / Nietlispach, D. / Mott, H.R. / Okuwaki, M. / Lyon, D. / Nielsen, P.R. / Hirshberg, M. / Verreault, A. / Murzina, N.V. / Laue, E.D.
履歴
登録2004年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 1
B: Chromobox protein homolog 1
C: Chromatin assembly factor 1 subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3653
ポリマ－20,3653
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #14closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Chromobox protein homolog 1 / Heterochromatin protein 1 homolog beta / HP1 beta / Modifier 1 protein / M31 / Heterochromatin protein p25


分子量: 8625.710 Da / 分子数: 2 / 断片: chromo shadow domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CBX1, CBX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P23197, UniProt: P83917*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Chromatin assembly factor 1 subunit A / CAF-1 subunit A / Chromatin assembly factor I p150 subunit / CAF-I 150 kDa subunit / CAF-Ip150


分子量: 3113.664 Da / 分子数: 1 / 断片: Chromatin Assembly Factor 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CHAF1A, CAIP150 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9QWF0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
2323D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
115N-labelled and 13C,15N labelled material complexed with unlabelled peptideH2O
215N labelled peptide complexed with unlabelled proteinH2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1150mM 7.51 atm298 K
2150mM 7.51 atm298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1Brunger構造決定
CNS1Brunger精密化
精密化手法: CNS, ARIA1.1 / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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