ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB CNS1.1 精密化 Show d*TREKデータ削減 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング SOLVE位相決定 autoSHARP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.9→28.89 Å / Rfactor Rfree error : 0.006 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.5 / Isotropic thermal model : isotropic / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.219 1140 5 % RANDOM Rwork 0.191 - - - obs 0.191 22681 93.1 % - all - 24366 - -
溶媒の処理 溶媒モデル : CNS bulk solvent model used / Bsol : 57.2816 Å2 / ksol : 0.378132 e/Å3 原子変位パラメータ Biso max : 87.07 Å2 / Biso mean : 32.19 Å2 / Biso min : 16.06 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -11.22 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 18.12 Å2 0 Å2 3- - - -6.91 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.24 Å 0.19 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.2 Å 0.21 Å Luzzati d res high - 1.9
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.9→28.89 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1985 0 0 394 2379
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION x_bond_d0.005 X-RAY DIFFRACTION x_angle_deg1 X-RAY DIFFRACTION x_torsion_deg19.2 X-RAY DIFFRACTION x_torsion_impr_deg0.7
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 8
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree % reflection Rfree (%)Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Rfactor Rfree error Num. reflection all Num. reflection obs % reflection obs (%)1.9-1.99 0.273 111 5.1 0.267 2083 0.026 3000 2194 73.1 1.99-2.09 0.242 127 4.6 0.217 2644 0.021 3025 2771 91.6 2.09-2.22 0.241 169 5.7 0.203 2780 0.019 3022 2949 97.6 2.22-2.39 0.231 144 4.9 0.202 2804 0.019 3025 2948 97.5 2.39-2.63 0.251 137 4.6 0.195 2816 0.021 3019 2953 97.8 2.63-3.02 0.235 147 5 0.19 2816 0.019 3046 2963 97.3 3.02-3.8 0.201 144 4.9 0.171 2800 0.017 3062 2944 96.1 3.8-28.89 0.197 161 5.4 0.185 2798 0.016 3196 2959 92.6
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION 2 carbohydrate.paramcarbohydrate.topX-RAY DIFFRACTION 3 water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION 4 ion.paramion.top