PDB-1s4e: Pyrococcus furiosus galactokinase in complex with galactose, ADP ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s4e

タイトル

Pyrococcus furiosus galactokinase in complex with galactose, ADP and magnesium

要素

Galactokinase

キーワード

TRANSFERASE / GHMP kinase superfamily / P-loop

機能・相同性

機能・相同性情報

galactokinase / galactokinase activity / galactose metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Hartley, A. / Glynn, S.E. / Barynin, V. / Baker, P.J. / Sedelnikova, S.E. / Verhees, C. / de Geus, D. / van der Oost, J. / Timson, D.J. / Reece, R.J. / Rice, D.W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Substrate specificity and mechanism from the structure of Pyrococcus furiosus galactokinase
著者: Hartley, A. / Glynn, S.E. / Barynin, V. / Baker, P.J. / Sedelnikova, S.E. / Verhees, C. / de Geus, D. / van der Oost, J. / Timson, D.J. / Reece, R.J. / Rice, D.W.

履歴

登録	2004年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb1s4e.ent.gz	950.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1s4e_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1s4e_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	1s4e_validation.xml.gz	106 KB	表示
CIF形式データ	1s4e_validation.cif.gz	137.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/1s4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/1s4e	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2dei-d 5z4m-d 2dej-d 2qr8-d 4yif-1 6yqq-d 1tvu-d 3s2w-2 2cz9-d 4m2m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galactokinase

B: Galactokinase

C: Galactokinase

D: Galactokinase

E: Galactokinase

F: Galactokinase

G: Galactokinase

H: Galactokinase

I: Galactokinase

ヘテロ分子

362 kDa, 9 ポリマー
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1

A: Galactokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Galactokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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3

C: Galactokinase

ヘテロ分子

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4

D: Galactokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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5

E: Galactokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Galactokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Galactokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Galactokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
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9

I: Galactokinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	211.974, 355.672, 165.613
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質

Galactokinase / Galactose kinase

分子量: 39614.938 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: GALK / プラスミド: pET9d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9HHB6, galactokinase

#2: 糖

ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#4: 化合物

ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP

分子量: 427.201 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.75 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Ammonium sulphate, Tris-HCl, galactose, ADP, magnesium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97950, 0.97973, 0.93928

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月25日 / 詳細: Mirrors

放射

モノクロメーター: Double crystal Si(111) or Si(311) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.97973	1
3	0.93928	1

反射

解像度: 2.9→25 Å / Num. obs: 137024 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.54 % / B_iso Wilson estimate: 70 Å² / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 17.81

反射シェル

解像度: 2.9→2.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / R_sym value: 0.38

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: MAD phased model

解像度: 2.9→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 11.545 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.535 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26972	6821	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23018	-	-	-
all	0.23215	134320	-	-
obs	0.23215	127499	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22351	0	360	0	22711

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	23162
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	21032
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.659	1.982	31440
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.015	3	48409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.063	5	2936
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	3656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	25626
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4675
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	4918
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	23794
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	13969
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.262	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.239	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.115	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.393	1.5	14687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.745	2	23337
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.708	3	8475
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.376	4.5	8103
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.969 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.308	483
R_work	0.248	8772

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8911	3.0287	0.2647	3.771	0.744	2.5938	-0.6332	1.5124	-0.0106	-0.5652	0.7235	0.7685	0.2387	-0.51	-0.0903	0.5008	-0.3823	-0.0878	0.7907	0.1953	0.6768	61.972	58.478	56.709
2	3.4896	-0.2334	0.0904	3.9907	-0.7925	1.612	-0.035	0.1332	0.0122	0.1774	0.0862	0.2537	-0.0684	0.0507	-0.0512	0.2242	-0.1259	0.053	0.2074	0.073	0.2928	83.049	63.216	67.599
3	5.4511	1.3283	0.1249	6.1657	-0.7488	3.3914	-0.9475	2.1017	0.9063	-1.1766	0.8265	-0.1774	-0.6555	0.2473	0.1211	1.1558	-0.5039	0.0756	1.176	0.3798	0.577	24.949	61.474	60.591
4	4.6656	0.0143	-0.6414	3.5554	1.331	4.5944	-0.3396	1.0977	-0.2778	-0.8235	0.2325	0.071	-0.0052	-0.1904	0.1071	0.476	-0.1739	0.1248	0.4432	0.034	0.2136	10.314	47.804	72.329
5	3.7535	-0.0548	-0.6518	3.9455	-1.5057	3.9498	-0.1854	-0.4559	-1.2813	0.5751	-0.046	0.139	0.4878	0.2244	0.2314	0.6322	0.0375	0.0668	0.4089	0.1893	1.1004	93.516	23.465	79.846
6	4.9926	0.991	-0.8022	3.7078	-0.4953	3.0006	-0.17	0.7629	-1.0229	-0.274	-0.0987	-0.0266	0.6626	0.3863	0.2687	0.4311	0.0576	-0.0379	0.5792	-0.2714	0.7833	103.8	27.74	58.179
7	5.125	1.2004	1.3249	3.5599	1.1374	3.9776	-0.2086	0.1042	0.7799	-0.146	-0.1194	-0.1341	-0.6109	-0.0803	0.328	0.4876	0.1332	-0.2973	0.2991	0.1245	0.7187	166.929	142.753	83.668
8	4.6624	0.5166	0.4654	2.2789	-1.1994	2.6509	-0.0696	0.8218	-0.4243	-0.3478	0.0501	0.0395	0.068	-0.0314	0.0195	0.4299	0.1102	-0.2636	0.4781	-0.0522	0.5151	152.691	125.615	71.86
9	6.8083	-0.3511	2.3425	1.8296	-0.4972	4.8334	-0.3908	0.6812	0.2975	0.1423	0.0245	0.006	-0.4012	0.2466	0.3663	0.3625	0.0462	-0.1434	0.5475	0.1638	0.3758	154.012	47.374	78.515
10	5.5733	-1.1694	0.3179	2.234	-0.5293	2.165	-0.0528	0.8041	-0.4242	-0.061	-0.1648	0.2219	0.0908	0.2615	0.2176	0.3234	-0.0798	-0.1898	0.7892	0.0891	0.4754	130.549	41.844	69.887
11	1.9817	0.5199	0.0183	1.9964	-0.2803	3.8445	0.0511	-0.0623	-0.1474	-0.0245	0.0257	-0.2958	-0.2784	0.3975	-0.0768	0.3082	-0.0411	0.0456	0.1371	0.0217	0.2791	117.967	109.744	54.893
12	2.2995	-0.1697	0.524	2.4414	1.138	1.6881	-0.0648	-0.1889	-0.2321	0.2077	0.0177	0.0879	-0.0168	-0.2142	0.0471	0.2599	-0.0626	0.083	0.1581	0.1573	0.246	95.652	103.853	66.607
13	4.9283	4.9272	1.1128	10.8006	0.9186	10.1046	-1.1526	1.2597	1.4601	-2.6634	-0.0621	1.6877	-0.3694	-0.2228	1.2147	1.5278	-0.0892	-0.3634	1.0195	-0.0109	0.9322	2.944	121.25	66.931
14	5.596	0.754	-1.7647	4.4371	0.3648	5.8432	-0.4747	0.5466	-1.1318	-1.3907	0.2107	-0.4759	0.7895	0.1503	0.264	0.8451	0.1212	0.2093	0.4122	-0.128	0.6655	1.375	105.478	79.432
15	3.6243	-0.2641	0.0942	2.6852	0.5241	3.6311	-0.0396	0.0366	0.3838	-0.1928	-0.1164	0.617	-0.5076	-0.8868	0.1561	0.2753	0.1336	-0.0937	0.4941	-0.0788	0.4361	64.516	148.21	46.791
16	3.632	0.3017	-1.0711	1.1873	-0.16	2.1546	-0.0725	-0.1973	-0.192	0.1028	0.0422	0.3001	0.2916	-0.3133	0.0304	0.1998	-0.0295	0.0143	0.1737	0.0288	0.1946	79.192	131.076	57.94
17	2.5916	0.2565	-0.7395	1.7464	0.9875	3.3934	-0.0886	-0.0095	0.1556	-0.0206	0.1104	-0.2451	-0.1333	0.2569	-0.0218	0.2117	-0.015	-0.0661	0.1058	-0.0387	0.0776	118.042	150.173	56.217
18	1.767	1.0651	0.2129	2.831	-0.0009	2.4481	-0.0135	-0.3469	0.1337	0.1461	0.0571	0.1283	-0.2834	-0.0707	-0.0437	0.2972	0.0908	-0.0209	0.1752	-0.1181	0.101	105.995	157.002	77.645

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 12	5 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	29 - 161	29 - 161
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	346 - 351	346 - 351
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	13 - 28	13 - 28
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	162 - 345	162 - 345
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	8 - 12	8 - 12
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	29 - 161	29 - 161
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	346 - 349	346 - 349
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	13 - 28	13 - 28
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	162 - 345	162 - 345
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	4 - 12	4 - 12
12	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	29 - 161	29 - 161
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	346 - 350	346 - 350
14	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	13 - 28	13 - 28
15	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	162 - 345	162 - 345
16	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	2 - 12	2 - 12
17	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	29 - 161	29 - 161
18	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	346 - 352	346 - 352
19	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	13 - 28	13 - 28
20	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	162 - 345	162 - 345
21	X-RAY DIFFRACTION	9	E	E	3 - 12	3 - 12
22	X-RAY DIFFRACTION	9	E	E	29 - 161	29 - 161
23	X-RAY DIFFRACTION	9	E	E	346 - 352	346 - 352
24	X-RAY DIFFRACTION	10	E	E	13 - 28	13 - 28
25	X-RAY DIFFRACTION	10	E	E	162 - 345	162 - 345
26	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	2 - 12	2 - 12
27	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	29 - 161	29 - 161
28	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	346 - 352	346 - 352
29	X-RAY DIFFRACTION	12	F	F	13 - 28	13 - 28
30	X-RAY DIFFRACTION	12	F	F	162 - 345	162 - 345
31	X-RAY DIFFRACTION	13	G	G	11 - 12	11 - 12
32	X-RAY DIFFRACTION	13	G	G	29 - 158	29 - 158
33	X-RAY DIFFRACTION	13	G	G	346 - 347	346 - 347
34	X-RAY DIFFRACTION	14	G	G	13 - 28	13 - 28
35	X-RAY DIFFRACTION	14	G	G	162 - 345	162 - 345
36	X-RAY DIFFRACTION	15	H	H	2 - 12	2 - 12
37	X-RAY DIFFRACTION	15	H	H	29 - 161	29 - 161
38	X-RAY DIFFRACTION	15	H	H	346 - 350	346 - 350
39	X-RAY DIFFRACTION	16	H	H	13 - 28	13 - 28
40	X-RAY DIFFRACTION	16	H	H	162 - 345	162 - 345
41	X-RAY DIFFRACTION	17	I	I	2 - 12	2 - 12
42	X-RAY DIFFRACTION	17	I	I	29 - 161	29 - 161
43	X-RAY DIFFRACTION	17	I	I	346 - 352	346 - 352
44	X-RAY DIFFRACTION	18	I	I	13 - 28	13 - 28
45	X-RAY DIFFRACTION	18	I	I	162 - 345	162 - 345

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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