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- PDB-1s46: Covalent intermediate of the E328Q amylosucrase mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s46
タイトルCovalent intermediate of the E328Q amylosucrase mutant
要素amylosucrase
キーワードTRANSFERASE / protein-glucopyranosyl covalent intermediate / (beta/alpha)8-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


amylosucrase / amylosucrase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Amylosucrase, C-terminal domain / Amylosucrase, catalytic domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain ...: / Amylosucrase, C-terminal domain / Amylosucrase, catalytic domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Amylosucrase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria polysaccharea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jensen, M.H. / Mirza, O. / Albenne, C. / Remaud-Simeon, M. / Monsan, P. / Gajhede, M. / Skov, L.K.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the covalent intermediate of amylosucrase from Neisseria polysaccharea.
著者: Jensen, M.H. / Mirza, O. / Albenne, C. / Remaud-Simeon, M. / Monsan, P. / Gajhede, M. / Skov, L.K.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Amylosucrase, a Glucan-Synthesizing Enzyme from the Alpha-Amylase Family
著者: Skov, L.K. / Mirza, O. / Henriksen, A. / De Montalk, G.P. / Remaud-Simeon, M. / Sarcabal, P. / Willemot, R.M. / Monsan, P. / Gajhede, M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure Of Amylosucrase From Neisseria Polysaccharea In Complex With D-Glucose
著者: Mirza, O. / Skov, L.K. / Remaud-Simeon, M. / De Montalk, G.P. / Albenne, C. / Monsan, P. / Gajhede, M.
履歴
登録2004年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.72024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999 SEQUENCE THE DISCREPANCY BETWEEN RESIDUE TYR 131 AND THE GENBANK SEQUENCE DATABASE REFERENCE, ... SEQUENCE THE DISCREPANCY BETWEEN RESIDUE TYR 131 AND THE GENBANK SEQUENCE DATABASE REFERENCE, ACCESSION 4107260, RESIDUE HIS 139 IS DUE TO A PCR ERROR.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: amylosucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7102
ポリマ－71,5301
非ポリマー1801
水9,008500
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.253, 116.630, 60.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1288-

HOH

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要素

#1: タンパク質 amylosucrase


分子量: 71530.086 Da / 分子数: 1 / 変異: E328Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria polysaccharea (バクテリア)
プラスミド: pGEX-6-P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q9ZEU2, amylosucrase
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sucrose, PEG 6000, SODIUM CHLORIDE, TRIS-HCL, EDTA, HEPES, DTT, Alpha-D-glucopyranosyl fluoride , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
14 mg/mlprotein1drop
2150 mM1dropNaCl
350 mMTris-HCl1droppH7.0
41 mMEDTA1drop
51 mMalpha-dithiothreitol1drop
614 mMsucrose1reservoir
730 %PEG60001reservoir
80.1 MHEPES1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.011 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月24日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 32544 / Num. obs: 32544 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 3287 / Rsym value: 0.328 / % possible all: 94.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 128590 / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.28 Å / % possible obs: 94.7 % / Rmerge(I) obs: 0.328

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 844885.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1539 4.9 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all0.188 31129 --
obs0.184 31129 88.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.318055 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å20 Å2
2---2.09 Å20 Å2
3---2.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5060 0 11 500 5571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.43
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 264 5.2 %
Rwork0.223 4810 -
obs--87.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1NYPROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3NYG1I.PAR
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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