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万見
- PDB-1s3j: X-ray crystal structure of YusO protein from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s3j
タイトルX-ray crystal structure of YusO protein from Bacillus subtilis
要素YusO protein
キーワードTRANSCRIPTION / Structural genomics / YusO protein / MarR transcriptional regulator family / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #100 / MarR family / Immunoglobulin FC, subunit C / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Helix Hairpins - #100 / MarR family / Immunoglobulin FC, subunit C / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional repressor MdtR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Wu, R. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of YusO protein from Bacillus subtilis, a member of MarR transcriptional regulator family
著者: Osipiuk, J. / Wu, R. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2004年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YusO protein
B: YusO protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6942
ポリマ－35,6942
非ポリマー00
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.029, 71.912, 96.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細the biological assembly unknown

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要素

#1: タンパク質 YusO protein


分子量: 17847.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yusO / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O32181
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化温度: 294 K / pH: 6.5
詳細: Ammonium Sulfate, Bis-Tris, Pentaerythritol Ethoxylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97882
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月25日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97882 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 16195 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.59 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.51 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→33.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / SU B: 4.676 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1196 -RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.221 13908 97.8 %-
all-15104 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→33.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2231 0 0 126 2357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222251
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.9853020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74735050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.025282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.22333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21392
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.291
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3080.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7711.51419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49822280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3853832
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1894.5740
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.349 97
Rwork0.267 1014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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