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万見
- PDB-1s2d: Purine 2'-Deoxyribosyl complex with arabinoside: Ribosylated Inte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s2d
タイトルPurine 2'-Deoxyribosyl complex with arabinoside: Ribosylated Intermediate (AraA)
要素Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ribosylate intermediate / PTD / AraA
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside deoxyribosyltransferase / nucleoside deoxyribosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-arabinofuranose / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus helveticus (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Anand, R. / Kaminski, P.A. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Structures of purine 2'-deoxyribosyltransferase, substrate complexes, and the ribosylated enzyme intermediate at 2.0 A resolution.
著者: Anand, R. / Kaminski, P.A. / Ealick, S.E.
履歴
登録2004年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 2.12020年7月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_site / struct_site_gen / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
C: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0619
ポリマ－56,2003
非ポリマー8626
水5,062281
1
A: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
C: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
C: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,12318
ポリマ－112,3996
非ポリマー1,72312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area25540 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area34100 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.587, 79.587, 184.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside deoxyribosyltransferase / Nucleoside deoxyribosyltransferase-I / Purine trans deoxyribosylase


分子量: 18733.189 Da / 分子数: 3 / 断片: Purine 2'-deoxyribosyltransferase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus helveticus (乳酸菌)
遺伝子: ptd, ndtA, ntd_1, BC335_1936, BCM45_08885, BDKNPLJD_00991, DM475_00825, GDZ32_10450, LH5_01102
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RLY5, nucleoside deoxyribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#3: 糖 ChemComp-V3M / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-arabinofuranose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 152.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H9FO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 100mM Tris , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 35292 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / Rsym value: 0.127 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→48.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 523494.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 3471 10 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 34823 97.8 %-
all-34823 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.2422 Å2 / ksol: 0.34228 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.59 Å20 Å20 Å2
2--2.59 Å20 Å2
3----5.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3882 0 30 281 4193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 602 10.6 %
Rwork0.24 5088 -
obs--97.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN1.PARAMPROTEIN1.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3BAS.PARBAS.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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