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万見
- PDB-1s23: Crystal Structure Analysis of the B-DNA Decamer CGCAATTGCG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s23
タイトルCrystal Structure Analysis of the B-DNA Decamer CGCAATTGCG
要素5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA / deoxyoligonucleotide / cobalt / variability
機能・相同性: / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Valls, N. / Wright, G. / Steiner, R.A. / Murshudov, G.N. / Subirana, J.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: DNA variability in five crystal structures of d(CGCAATTGCG).
著者: Valls, N. / Wright, G. / Steiner, R.A. / Murshudov, G.N. / Subirana, J.A.
履歴
登録2004年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1042
ポリマ－3,0451
非ポリマー591
水82946
1
A: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2084
ポリマ－6,0902
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_575x,-y+2,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)26.220, 44.359, 52.336
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-300-

CO

21A-322-

HOH

31A-323-

HOH

41A-334-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3045.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, acridine(RGR), cacodylate, calcium chloride, cobalt chloride, spermine , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2acridine(RGR)11
3cacodylate11
4calcium chloride11
5cobalt chloride11
6spermine11
7MPD12
8calcium chloride12
9cobalt chloride12

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→25 Å / Num. obs: 4174 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 17.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.077
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.93 / Num. unique all: 376 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB ENTRY UDJ031

解像度: 1.6→22.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 2.747 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28152 414 10 %RANDOM
Rwork0.20969 ---
all0.214 ---
obs0.21601 3746 97.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.833 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--2.26 Å20 Å2
3----2.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→22.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 211 1 47 259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5953369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4313258
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.130.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0980.251
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2790.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3540.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.216
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3053238
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3874.5369
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.644 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.416 26
Rwork0.459 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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