PDB-1s1a: Pterocarpus angolensis seed lectin (PAL) with one binding site fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s1a

タイトル

Pterocarpus angolensis seed lectin (PAL) with one binding site free and one binding site containing the disaccharide Man(a1-3)ManMe

要素

Lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / carbohydrate

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pterocarpus angolensis (マメ科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Buts, L. / Imberty, A. / Wyns, L. / Beeckmans, S. / Loris, R.

履歴

登録	2004年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.0	2021年7月21日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 3.1	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1s1a.cif.gz	111.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1s1a.ent.gz	83.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s1a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1s1a_validation.pdf.gz	810.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1s1a_full_validation.pdf.gz	813.5 KB	表示
XML形式データ	1s1a_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	1s1a_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/1s1a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/1s1a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q8pS 1q8o 1q8q 1q8s 1q8v 1ukg S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2phf-d 1n3p-d 2phr-d 1q8v-d 1q8s-d 2ar6-d 5eyy-1 2lal-d 2phu-d 2gnd-d 1q8p-d 5eyx-d 3lfy-d 1ukg-d 2pht-d 1op8-3 5u38-1 2auy-d 4z05-d 1op8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (7) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Lectin

B: Lectin

ヘテロ分子

55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.868, 83.212, 123.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

dimer formed by chains A and B in the asymmetric unit

#1: タンパク質

Lectin

分子量: 27558.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Pterocarpus angolensis (マメ科) / 参照: UniProt: Q8GSD2

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-methyl alpha-D-mannopyranoside

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 356.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManp[1Me]a1-OME	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1a_1-5_1*OC][a1122h-1a_1-5]/1-2/a3-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

#4: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG8000, Na-cacodylate, Ca-acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.81 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月20日
放射	モノクロメーター: Triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 54780 / Num. obs: 54780 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 24.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique all: 5440 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1Q8P

1q8p

解像度: 1.8→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	4486	-	random
R_work	0.185	-	-	-
all	0.198	54780	-	-
obs	0.198	54780	8.2 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3673	0	28	215	3916

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.0057
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.647

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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