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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s0y | ||||||
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タイトル | The structure of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase, covalently inactivated by the mechanism-based inhibitor 3-bromopropiolate at 2.3 Angstrom resolution | ||||||
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![]() | LYASE / dehalogenase / tautomerase family / covalent modification / inhibition / Michael addition / dehalogenation mechanism / malonyl inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | de Jong, R.M. / Brugman, W. / Poelarends, G.J. / Whitman, C.P. / Dijkstra, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The X-ray structure of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase reveals a novel hydration mechanism in the tautomerase superfamily 著者: de Jong, R.M. / Brugman, W. / Poelarends, G.J. / Whitman, C.P. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 524.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 542.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1otfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8486.701 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 170 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 7647.767 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 170 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-MLA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.06 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 22% (w/v) PEG 4000, 100mM Sodium Acetate, 0.15 ammonium Acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.57 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→35 Å / Num. all: 35250 / Num. obs: 34262 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 9.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / Num. unique all: 2818 / Rsym value: 0.275 / % possible all: 80.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 35 Å / Num. obs: 35250 / % possible obs: 98.8 % / Num. measured all: 330560 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.38 Å / % possible obs: 95.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OTF 解像度: 2.3→34.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1420461.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.7407 Å2 / ksol: 0.357104 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 35 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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