[日本語] English
万見
- PDB-1s0y: The structure of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase, covalen... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s0y
タイトルThe structure of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase, covalently inactivated by the mechanism-based inhibitor 3-bromopropiolate at 2.3 Angstrom resolution
要素
  • alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
  • beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
キーワードLYASE / dehalogenase / tautomerase family / covalent modification / inhibition / Michael addition / dehalogenation mechanism / malonyl inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxymuconate tautomerase / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / 2-hydroxymuconate tautomerase / 2-hydroxymuconate tautomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas pavonaceae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者de Jong, R.M. / Brugman, W. / Poelarends, G.J. / Whitman, C.P. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The X-ray structure of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase reveals a novel hydration mechanism in the tautomerase superfamily
著者: de Jong, R.M. / Brugman, W. / Poelarends, G.J. / Whitman, C.P. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2004年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
B: beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
C: alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
D: beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
E: alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
F: beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
G: alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
H: beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
I: alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
J: beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
K: alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
L: beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,43118
ポリマ－96,80712
非ポリマー6246
水3,081171
1
A: alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
B: beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
C: alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
D: beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
E: alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
F: beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7169
ポリマ－48,4036
非ポリマー3123
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14140 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
2
G: alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
H: beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
I: alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
J: beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
K: alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
L: beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7169
ポリマ－48,4036
非ポリマー3123
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13790 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area12820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.379, 100.637, 69.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
alpha-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase


分子量: 8486.701 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas pavonaceae (バクテリア)
株: 170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EV85
#2: タンパク質
beta-subunit of trans-3-chloroacrylic acid dehalogenase


分子量: 7647.767 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas pavonaceae (バクテリア)
株: 170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EV84
#3: 化合物
ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 22% (w/v) PEG 4000, 100mM Sodium Acetate, 0.15 ammonium Acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
18 mg/mlprotein1drop
222 %(w/v)PEG40001reservoir
3100 mMsodium acetate1reservoirpH4.8
40.15 Mammonium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.57 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.57 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→35 Å / Num. all: 35250 / Num. obs: 34262 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 9.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / Num. unique all: 2818 / Rsym value: 0.275 / % possible all: 80.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 35 Å / Num. obs: 35250 / % possible obs: 98.8 % / Num. measured all: 330560
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.38 Å / % possible obs: 95.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OTF

1otf


解像度: 2.3→34.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1420461.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1700 5.1 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 33258 98.8 %-
all-34958 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.7407 Å2 / ksol: 0.357104 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.04 Å20 Å20.06 Å2
2---3.26 Å20 Å2
3----8.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5324 0 36 171 5531
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.742.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 244 4.6 %
Rwork0.278 5092 -
obs-2818 95.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5INH.PARAMINH.TOP
ソフトウェア
*PLUS
分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 35 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る