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- PDB-1s0v: Structural basis for substrate selection by T7 RNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s0v
タイトルStructural basis for substrate selection by T7 RNA polymerase
要素
  • 5'-D(*G*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3'
  • 5'-R(*AP*AP*CP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*U)-3'
  • DNA-directed RNA polymerase
キーワードTransferase/DNA-RNA HYBRID / T7 RNA polymerase / DNA / RNA / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / Transferase-DNA-RNA COMPLEX / Transferase-DNA-RNA HYBRID complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #260 / Helix Hairpins - #280 / T7 RNA polymerase; domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal ...Helix Hairpins - #260 / Helix Hairpins - #280 / T7 RNA polymerase; domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / DNA-dependent RNA polymerase / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / Alpha-Beta Plaits - #370 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Helix Hairpins / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / T7 RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Temiakov, D. / Patlan, V. / Anikin, M. / McAllister, W.T. / Yokoyama, S. / Vassylyev, D.G. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: Structural basis for substrate selection by t7 RNA polymerase.
著者: Temiakov, D. / Patlan, V. / Anikin, M. / McAllister, W.T. / Yokoyama, S. / Vassylyev, D.G.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Structure of a T7 RNA polymerase elongation complex at 2.9 A resolution.
著者: Tahirov, T.H. / Temiakov, D. / Anikin, M. / Patlan, V. / G Vassylyev, D. / McAllister, W.T. / Yokoyama, S.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of T7 RNA polymerase elongation complex
著者: Temiakov, D. / Tahirov, T.H. / Anikin, M. / McAllister, W.T. / Vassylyev, D.G. / Yokoyama, S.
履歴
登録2004年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*G*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
F: 5'-R(*AP*AP*CP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*U)-3'
G: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3'
H: 5'-D(*G*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
I: 5'-R(*AP*AP*CP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*U)-3'
J: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3'
K: 5'-D(*G*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
L: 5'-R(*AP*AP*CP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*U)-3'
M: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3'
N: 5'-D(*G*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
O: 5'-R(*AP*AP*CP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*U)-3'
P: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3'
A: DNA-directed RNA polymerase
B: DNA-directed RNA polymerase
C: DNA-directed RNA polymerase
D: DNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)447,70828
ポリマ－445,49316
非ポリマー2,21512
水17,997999
1
E: 5'-D(*G*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
F: 5'-R(*AP*AP*CP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*U)-3'
G: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3'
A: DNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,9277
ポリマ－111,3734
非ポリマー5543
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: 5'-D(*G*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
I: 5'-R(*AP*AP*CP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*U)-3'
J: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3'
B: DNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,9277
ポリマ－111,3734
非ポリマー5543
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: 5'-D(*G*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
L: 5'-R(*AP*AP*CP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*U)-3'
M: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3'
C: DNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,9277
ポリマ－111,3734
非ポリマー5543
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
N: 5'-D(*G*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'
O: 5'-R(*AP*AP*CP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*U)-3'
P: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3'
D: DNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,9277
ポリマ－111,3734
非ポリマー5543
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.133, 87.703, 206.531
Angle α, β, γ (deg.)91.93, 91.02, 110.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 EHKNGJMP

#1: DNA鎖
5'-D(*G*GP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*CP*GP*C)-3'


分子量: 5541.591 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Template strand
#3: DNA鎖
5'-D(*GP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*CP*C)-3'


分子量: 2995.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Non-template strand

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 8分子 FILOABCD

#2: RNA鎖
5'-R(*AP*AP*CP*U*GP*CP*GP*GP*CP*GP*AP*U)-3'


分子量: 3851.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA transcript
#4: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase / 2.7.7.6


分子量: 98984.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
属: T7-like viruses / 遺伝子: 1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dcat4 / 参照: UniProt: P00573, DNA-directed RNA polymerase

-
非ポリマー , 3種, 1011分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 999 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.22 %
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Temiakov, D., (2003) Acta Crystallogr.,Sect.D, 59, 185.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 %PEG80001reservoir
310 %glycerol1reservoir
45 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
5100 mMTris1reservoirpH8.1

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / タイプ: SPRING-8 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. all: 106154 / Num. obs: 94902 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 83.9
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 229915 / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.9 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 2.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
TRUNCATEデータ削減
CNS精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H83

1h83


解像度: 3.2→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.307 3685 RANDOM
Rwork0.255 --
all0.255 87784 -
obs0.255 73174 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26984 2784 132 999 30899
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 4 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONimproper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONimproper_angle_deg1.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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