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- PDB-1s0t: Solution structure of a DNA duplex containing an alpha-anomeric a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s0t
タイトルSolution structure of a DNA duplex containing an alpha-anomeric adenosine: insights into substrate recognition by endonuclease IV
要素
  • 5'-D(*Cp*Gp*Tp*Cp*Gp*Tp*Gp*Gp*Ap*C)-3'
  • 5'-D(*Gp*Tp*Cp*Cp*(A3A)p*Cp*Gp*Ap*Cp*G)-3'
キーワードDNA / DNA double helix with enlarged miner groove and helical kink
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / torsion angle dynamics molecular dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Aramini, J.M. / Cleaver, S.H. / Pon, R.T. / Cunningham, R.P. / Germann, M.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Solution Structure of a DNA Duplex Containing an alpha-Anomeric Adenosine: Insights into Substrate Recognition by Endonuclease IV.
著者: Aramini, J.M. / Cleaver, S.H. / Pon, R.T. / Cunningham, R.P. / Germann, M.W.
履歴
登録2004年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*Gp*Tp*Cp*Cp*(A3A)p*Cp*Gp*Ap*Cp*G)-3'
B: 5'-D(*Cp*Gp*Tp*Cp*Gp*Tp*Gp*Gp*Ap*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0912
ポリマ－6,0912
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 10
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*Gp*Tp*Cp*Cp*(A3A)p*Cp*Gp*Ap*Cp*G)-3'


分子量: 3029.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The core of the sequence corresponds to the recognition site of E. coli endonuclease IV
#2: DNA鎖 5'-D(*Cp*Gp*Tp*Cp*Gp*Tp*Gp*Gp*Ap*C)-3'


分子量: 3061.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
1312D TOCSY
1412D 31P,1H correlation
151HSQC
NMR実験の詳細Text: For non-exchangeable protons, NOESY experiments in D2O were performed with 10s relaxation delays and mixing times of 75ms, 150ms and 250 ms. For exchangeable protons, a WATERGATE NOESY was ...Text: For non-exchangeable protons, NOESY experiments in D2O were performed with 10s relaxation delays and mixing times of 75ms, 150ms and 250 ms. For exchangeable protons, a WATERGATE NOESY was performed with a relaxation delay of 4s and 150ms mixing time.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM alphaA duplex, 10 mM phosphate buffer, 50 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, pH 6.6100% D2O
21.0 mM alphaA duplex, 10 mM phosphate buffer, 50 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, pH 6.690% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM NaCl 6.6 ambient 293 K
250 mM NaCl 6.6 ambient 283 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guntert et al精密化
Amber6Case et al.精密化
MARDIGRAS3.2Borgias et al.iterative matrix relaxation
CORMA5.2Keepers and James構造決定
Curves5.1Lavery and Sklenar構造決定
MOLMOL2Koradi et al.構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on a total of 502 restraints: 284 distance restraints, 80 endocyclic torsion angle restraints, 50 Watson-Crick distance and angle restraints, and 88 backbone torsion ...詳細: The structure is based on a total of 502 restraints: 284 distance restraints, 80 endocyclic torsion angle restraints, 50 Watson-Crick distance and angle restraints, and 88 backbone torsion angle restraints. The alphaA duplex structure was elucidated by a combination of DYANA and rMD/rEM in AMBER. All calculations were performed in vacuo. The final structure deposited here was obtained by coordinate averaging the final ensemble of 10 rMD/rEM structures followed by restrained energy minimization.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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