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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s0i | |||||||||
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タイトル | Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with sialyl-lactose (Michaelis complex) | |||||||||
要素 | trans-sialidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / transglycosidase / sialyllactose / Trypanosoma cruzi / Michaelis complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Amaya, M.F. / Watts, A.G. / Damager, I. / Wehenkel, A. / Nguyen, T. / Buschiazzo, A. / Paris, G. / Frasch, A.C. / Withers, S.G. / Alzari, P.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2004 タイトル: Structural Insights into the Catalytic Mechanism of Trypanosoma cruzi trans-Sialidase. 著者: Amaya, M.F. / Watts, A.G. / Damager, I. / Wehenkel, A. / Nguyen, T. / Buschiazzo, A. / Paris, G. / Frasch, A.C. / Withers, S.G. / Alzari, P.M. #1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002 タイトル: The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis 著者: Buschiazzo, A. / Amaya, M.F. / Cremona, M.L. / Frasch, A.C. / Alzari, P.M. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE AUTHOR INDICATES THAT THE SEQUENCE IN THE DATABASE IS INCORRECT. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s0i.cif.gz | 152.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s0i.ent.gz | 113 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s0i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1s0i_validation.pdf.gz | 824.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1s0i_full_validation.pdf.gz | 832.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1s0i_validation.xml.gz | 29.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1s0i_validation.cif.gz | 45.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/1s0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/1s0i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71345.250 Da / 分子数: 1 / 変異: N58F,D59A,S495K,V496G,E520K,D593G,I597D,H599R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) プラスミド: pTrcHisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10F / 参照: UniProt: Q26966, exo-alpha-sialidase |
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#2: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / 3'-sialyl-alpha-lactose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, Tris-HCl, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 90100 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.034 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.114 / % possible all: 80.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1MS1 解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.438 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.431 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20 /
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