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- PDB-1s03: The Structure of a Ribosomal Protein S8/spc Operon mRNA Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s03
タイトルThe Structure of a Ribosomal Protein S8/spc Operon mRNA Complex
要素
  • 30S ribosomal protein S8
  • 47-MER
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / protein-RNA complex / ribosomal / spc operon / TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mRNA stability / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / : / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Small ribosomal subunit protein uS8
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Merianos, H.J. / Wang, J. / Moore, P.B.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2004
タイトル: The structure of a ribosomal protein S8/spc operon mRNA complex.
著者: Merianos, H.J. / Wang, J. / Moore, P.B.
履歴
登録2003年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 47-MER
B: 47-MER
H: 30S ribosomal protein S8
G: 30S ribosomal protein S8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,37521
ポリマ－58,2634
非ポリマー1,11217
水905
1
A: 47-MER
H: 30S ribosomal protein S8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,72011
ポリマ－29,1312
非ポリマー5899
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 47-MER
G: 30S ribosomal protein S8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,65510
ポリマ－29,1312
非ポリマー5238
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.22, 61.22, 332.52
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11G
21H
31G
41H
12A
22B
32A
42B

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPVALVALGD4 - 504 - 50
211ASPASPVALVALHC4 - 504 - 50
321LEULEUALAALAGD58 - 12958 - 129
421LEULEUALAALAHC58 - 12958 - 129
112GGGGAA11 - 2111 - 21
212GGGGBB11 - 2111 - 21
322CCCCAA30 - 3930 - 39
422CCCCBB30 - 3930 - 39

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: RNA鎖 47-MER


分子量: 15116.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transciption, sequence from E. coli spc operon
#2: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.93 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PEG 8000, zinc acetate, sodium acetate buffer, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2zinc acetate11
3sodium acetate buffer11
4H2O11
5PEG 80012
6zinc acetate12
7sodium acetate buffer12
8H2O12

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.0049
シンクロトロンNSLS X2520.9928
シンクロトロンNSLS X2531.008998
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00491
20.99281
31.0089981
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 20950
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique all: 3907

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1J5E

1j5e


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 14.192 / SU ML: 0.285 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.642 / ESU R Free: 0.335
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27313 1070 5.1 %RANDOM
Rwork0.23734 ---
all0.23917 ---
obs0.23734 19880 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.626 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1921 2008 17 5 3951
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0214185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3312.576102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9055251
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.21638
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3160.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2880.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1873.51253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.77342010
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.79852932
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.82584092
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1G903tight positional0.060.05
2A449tight positional0.10.05
1G903tight thermal0.190.5
2A449tight thermal0.250.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.846 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.451 155
Rwork0.421 2819
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7711-1.62950.21849.26822.41295.3678-0.1844-0.5781.05670.12510.166-1.4775-0.3135-0.19480.01840.30620.16950.03160.1716-0.12350.725337.857716.3348116.555
25.0988-2.3433.22933.0517-0.53383.49160.43190.4751-0.0941-0.2652-0.40590.16820.37050.5858-0.0260.32560.04280.02370.17160.03150.301925.263531.0949.9943
34.97980.2285-0.86663.90570.24457.54090.6335-0.37550.60570.4184-0.2330.4303-0.4759-0.3686-0.40050.2751-0.05030.19770.0102-0.02340.30318.927440.272763.3524
40.90350.0880.33352.6727-1.76353.2937-0.0998-0.1184-0.10730.05120.1195-0.20130.1852-0.079-0.01980.46850.15360.13920.27940.0090.352337.724-3.1373104.6358
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1GD4 - 1294 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2AA1 - 471 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3HC4 - 1294 - 129
4X-RAY DIFFRACTION4BB1 - 471 - 47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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