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万見
- PDB-1rzt: Crystal structure of DNA polymerase lambda complexed with a two n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rzt
タイトルCrystal structure of DNA polymerase lambda complexed with a two nucleotide gap DNA molecule
要素
  • 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*GP*CP*G)-3'
  • 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
  • DNA polymerase lambda
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase lambda / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain ...Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase beta thumb / DNA polymerase, thumb domain superfamily / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase lambda
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / Garcia-Diaz, M. / Bebenek, K. / Krahn, J.M. / Blanco, L. / Kunkel, T.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: A structural solution for the DNA polymerase lambda-dependent repair of DNA gaps with minimal homology.
著者: Garcia-Diaz, M. / Bebenek, K. / Krahn, J.M. / Blanco, L. / Kunkel, T.A. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2003年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*TP*GP*CP*G)-3'
D: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
G: 5'-D(*GP*TP*GP*CP*G)-3'
H: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
J: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
K: 5'-D(*GP*TP*GP*CP*G)-3'
L: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
N: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
O: 5'-D(*GP*TP*GP*CP*G)-3'
P: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
A: DNA polymerase lambda
E: DNA polymerase lambda
I: DNA polymerase lambda
M: DNA polymerase lambda
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,72527
ポリマ－172,43316
非ポリマー29211
水18,4831026
1
B: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*TP*GP*CP*G)-3'
D: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
A: DNA polymerase lambda
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1777
ポリマ－43,1084
非ポリマー693
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
G: 5'-D(*GP*TP*GP*CP*G)-3'
H: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
E: DNA polymerase lambda
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1546
ポリマ－43,1084
非ポリマー462
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
J: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
K: 5'-D(*GP*TP*GP*CP*G)-3'
L: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
I: DNA polymerase lambda
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1777
ポリマ－43,1084
非ポリマー693
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
N: 5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
O: 5'-D(*GP*TP*GP*CP*G)-3'
P: 5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'
M: DNA polymerase lambda
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2167
ポリマ－43,1084
非ポリマー1083
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)191.321, 99.034, 104.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細biological unit unknown

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要素

-
DNA鎖 , 3種, 12分子 BFJNCGKODHLP

#1: DNA鎖
5'-D(*CP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*C)-3'


分子量: 3328.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: template DNA
#2: DNA鎖
5'-D(*GP*TP*GP*CP*G)-3'


分子量: 1536.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: upstream primer DNA
#3: DNA鎖
5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3'


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: downstream primer DNA

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AEIM

#4: タンパク質
DNA polymerase lambda / 2.7.7.7 / Pol Lambda / DNA polymerase kappa / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2


分子量: 37052.238 Da / 分子数: 4 / Fragment: catalytic domain of polymerase lambda / Mutation: residues 245-575 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9UGP5, DNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 3種, 1037分子

#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1026 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.98 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: cacodylate, sodium acetate, PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1cacodylate11
2Na(C2H3O2)11
3Na(C2H3O2)12
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
118 mg/mlTris1drop
250 mMdithiothreitol1droppH7.5
31 mMEDTA1drop
45 %glycerol1drop
50.1-0.7 M1dropNaCl
60.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.0
70.2 Mcalcium acetate1reservoir
84 %(w/v)PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年2月10日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 111222 / Num. obs: 111222 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 7770 / Rsym value: 0.284 / % possible all: 67.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 590501 / Rmerge(I) obs: 0.475
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 67.2 % / Rmerge(I) obs: 0.284

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: polymerase beta

解像度: 2.1→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 557836.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2701 2.5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.228 111366 --
obs0.227 108665 93.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.4433 Å2 / ksol: 0.328722 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.97 Å20 Å20 Å2
2---2.74 Å20 Å2
3---4.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10199 1624 14 1026 12863
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.982.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 359 2.6 %
Rwork0.292 13587 -
obs--72.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4COMBINE.PAR
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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