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万見
- PDB-1rz4: Crystal Structure of Human eIF3k -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rz4
タイトルCrystal Structure of Human eIF3k
要素Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 11
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / HEAT analogous motif / winged-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit ...eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation initiation factor activity / translational initiation / ribosome binding / RNA binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ARM repeat; domain 1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe ...ARM repeat; domain 1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wei, Z. / Zhang, P. / Zhou, Z. / Gong, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of human eIF3k, the first structure of eIF3 subunits
著者: Wei, Z. / Zhang, P. / Zhou, Z. / Cheng, Z. / Wan, M. / Gong, W.
履歴
登録2003年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5322
ポリマ－26,4361
非ポリマー961
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 11
ヘテロ分子

A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0644
ポリマ－52,8722
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.074, 44.671, 55.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 11 / eukaryotic initiation factor 3 subunit k / eIF3k


分子量: 26436.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBQ5
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M Hepes, 0.1M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.222 1276 RANDOM
Rwork0.187 --
all0.208 12366 -
obs0.208 12366 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1713 0 5 149 1867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.102
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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