+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ryt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | RUBRERYTHRIN | ||||||
要素 | RUBRERYTHRIN | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / IRON / FERROXIDASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Demare, F. / Kurtz, D.M. / Nordlund, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: The structure of Desulfovibrio vulgaris rubrerythrin reveals a unique combination of rubredoxin-like FeS4 and ferritin-like diiron domains. 著者: deMare, F. / Kurtz Jr., D.M. / Nordlund, P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ryt.cif.gz | 50.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ryt.ent.gz | 35.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ryt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ryt_validation.pdf.gz | 363.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1ryt_full_validation.pdf.gz | 364.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ryt_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ryt_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/1ryt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/1ryt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21446.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア) 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: P24931 | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
---|---|
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年2月5日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 11938 / % possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.05 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 2 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.45 |