PDB-1ry3: NMR Solution Structure of the Precursor for Carnobacteriocin B2, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ry3

タイトル

NMR Solution Structure of the Precursor for Carnobacteriocin B2, an Antimicrobial Peptide from Carnobacterium piscicola

要素

Bacteriocin carnobacteriocin B2

キーワード

ANTIBIOTIC / amphipathic helix

機能・相同性

Bacteriocin, class IIa / Bacteriocin, class IIa, conserved site / Bacteriocin class IIa domain superfamily / Class II bacteriocin / Bacteriocin class IIa family signature. / symbiont-mediated cytolysis of host cell / defense response to bacterium / extracellular region / Bacteriocin carnobacteriocin B2

機能・相同性情報

生物種

Carnobacterium maltaromaticum (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Sprules, T. / Kawulka, K.E. / Gibbs, A.C. / Wishart, D.S. / Vederas, J.C.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004
タイトル: NMR solution structure of the precursor for carnobacteriocin B2, an antimicrobial peptide from Carnobacterium piscicola.
著者: Sprules, T. / Kawulka, K.E. / Gibbs, A.C. / Wishart, D.S. / Vederas, J.C.

履歴

登録	2003年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ry3.cif.gz	371.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ry3.ent.gz	309.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ry3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/1ry3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/1ry3	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1o8t-d 3515 3zbe-d 9wga-2 7wga-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bacteriocin carnobacteriocin B2

6.75 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Bacteriocin carnobacteriocin B2 / Carnocin CP52 分子量: 6748.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Carnobacterium maltaromaticum (バクテリア) 株: LV17B / 遺伝子: CBNB2, CANCP52 / プラスミド: pMAl-c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38580
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

Bacteriocin carnobacteriocin B2 / Carnocin CP52

分子量: 6748.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Carnobacterium maltaromaticum (バクテリア)
株: LV17B / 遺伝子: CBNB2, CANCP52 / プラスミド: pMAl-c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38580

Has protein modification

Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	HNHA
1	3	2	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1 mM precarnobacteriocin B2 U-15N	70% TFE-d3, 30% H2O
2	1 mM precarnobacteriocin B2 U-15N,U-13C	70% TFE-d3, 30% D2O

試料状態

pH: 2 / 圧: ambient / 温度: 308 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C		collection
NMRPipe	2.2	Delaglio, F., Grzesiek, S., Vuister, G.W., Zhu, G.	解析
NMRView	5	Johnson, B.A., Blevins, R.A.J.	データ解析
CNS	1.1		構造決定
CNS	1.1		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 649 NOE-derived distance constraints, 22 hydrogen bonds and 91 dihedral angles were used in the calculation

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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