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万見

- PDB-1rxy: E. coli uridine phosphorylase: type-B native -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rxy

タイトル

E. coli uridine phosphorylase: type-B native

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / pentosyltransferase / uridine phosphorylase / induced fit / specificity / potassium

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP catabolic process / uridine catabolic process / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / potassium ion binding / DNA damage response / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Caradoc-Davies, T.T. / Cutfield, S.M. / Lamont, I.L. / Cutfield, J.F.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of escherichia coli uridine phosphorylase in two native and three complexed forms reveal basis of substrate specificity, induced conformational changes and influence of potassium
著者: Caradoc-Davies, T.T. / Cutfield, S.M. / Lamont, I.L. / Cutfield, J.F.

履歴

登録	2003年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rxy.cif.gz	132 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rxy.ent.gz	107.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rxy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1rxy_validation.pdf.gz	469.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1rxy_full_validation.pdf.gz	471.9 KB	表示
XML形式データ	1rxy_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	1rxy_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/1rxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/1rxy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1rxcC 1rxsC 1rxuC 1t0uC 1lgg PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4oeh-d 3pns-7 1rxu-1 4i2v-1 2oec-d 4i2v-3 3pns-8 4ip0-d 2rj3-d 4k6o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

54.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.928, 152.928, 50.864
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase / UrdPase / UPase 分子量: 27189.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: This model represents a new native form of E. coli up, where the 163-185 region of both monomers is ordered. The dimer also containins a bound potassium ion, which allows the monomers to pack ...詳細: This model represents a new native form of E. coli up, where the 163-185 region of both monomers is ordered. The dimer also containins a bound potassium ion, which allows the monomers to pack more tightly together than those of the type-A native up dimer. 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: UDP / プラスミド: pPROEX::pvdS / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12758, uridine phosphorylase

#1: タンパク質

Uridine phosphorylase / UrdPase / UPase

分子量: 27189.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This model represents a new native form of E. coli up, where the 163-185 region of both monomers is ordered. The dimer also containins a bound potassium ion, which allows the monomers to pack ...
由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: UDP / プラスミド: pPROEX::pvdS / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12758, uridine phosphorylase

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非ポリマー , 5種, 421分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: TRIS HCL, PEG4000, POTASSIUM ACETATE, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→16.54 Å / Num. all: 48715 / Num. obs: 48715 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 21.544 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 7095 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: TYPE-A NATIVE (1LGG)

1lgg
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.7→16.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.285 / SU ML: 0.044 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC (TLS REFINEMENT) / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.086
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16442	2478	5.1 %	RANDOM
R_work	0.12819	-	-	-
obs	0.13002	46224	99.98 %	-
all	-	46224	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.299 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0.02 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.086 Å	0.085 Å
Luzzati d res low	-	16.1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→16.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3703	0	28	415	4146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.547	1.949	5291
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.264	3	8353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.944	5	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.168	0.2	638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4333
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	597
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.235	0.2	3781
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.078	0.2	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.031	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.098	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.312	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.209	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.683	1.5	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.109	2	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.562	3	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.334	4.5	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	172	-
R_work	0.167	3367	-
obs	-	3367	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4185	-0.1516	4.9496	3.0399	-5.6384	10.584	-0.089	-0.4938	-0.3973	0.3484	0.131	0.2692	0.1182	-0.5144	-0.0421	0.2876	-0.0174	0.0432	0.2394	0.0505	0.2363	5.532	56.535	16.962
2	8.7532	-1.2932	-4.6519	-7.17	4.307	2.9825	0.1817	0.2131	-0.1869	0.0003	-0.0996	0.1891	0.0953	0.0182	-0.0821	0.2782	-0.0019	0.0216	0.1828	0.036	0.2913	7.915	55.346	11.926
3	83.9658	20.9062	15.5602	8.4385	11.0269	12.5969	0.6706	-1.4684	0.3588	0.5252	-0.5678	0.4636	0.1191	-0.2471	-0.1028	0.3041	0.0446	0.0308	0.2497	0.0946	0.193	14.466	54.316	19.637
4	8.8449	3.963	-3.4737	14.3803	0.4608	4.8744	-0.011	0.0948	-0.4686	0.3636	-0.1486	0.2414	-0.0708	0.0733	0.1596	0.2533	0.0365	0.006	0.2153	0.0721	0.2606	18.19	51.726	17.027
5	8.4623	2.6322	5.4842	10.7148	-10.0316	7.2769	0.0796	-0.1854	-0.1886	0.1488	-0.032	-0.2589	0.0352	0.2495	-0.0475	0.226	0.0663	-0.0224	0.1974	0.0374	0.3112	23.28	58.835	12.544
6	7.0903	1.645	6.2488	3.6742	5.0484	2.1057	-0.1136	0.1278	-0.2447	-0.0477	0.2421	0.06	0.0248	0.1494	-0.1284	0.2429	0.0242	0.0116	0.2232	0.0077	0.2923	18.101	58.925	2.995
7	-0.5749	-0.7132	9.7102	8.7755	-3.1297	12.6154	0.185	0.228	0.1812	-0.8434	0.0711	0.7499	0.8811	0.1612	-0.256	0.2882	0.0149	0.0109	0.234	-0.0284	0.2852	10.582	53.752	-2.833
8	16.7432	-2.739	-0.0855	3.6719	3.1295	2.8106	0.5153	1.0744	-0.5524	-1.1573	-0.2864	0.2405	0.08	0.156	-0.2289	0.3323	0.1148	0.0283	0.2044	-0.0487	0.32	16.554	50.497	-2.379
9	19.6437	-8.7666	-5.6533	21.3717	2.0425	10.4372	0.8289	0.4634	-0.0927	-0.6921	-0.5838	0.0997	0.0293	0.365	-0.2451	0.2357	0.125	0.0508	0.1439	0.0173	0.3138	22.775	50.56	-0.749
10	15.9341	-8.2803	3.1898	-5.0851	-0.1317	2.0633	0.2983	-0.3827	-0.3987	-0.4728	-0.516	-0.0436	0.5096	0.5302	0.2177	0.2404	0.1039	-0.0057	0.1711	-0.0044	0.3494	25.583	47.094	5.374
11	3.5369	-1.6432	-5.6771	6.6277	1.5299	1.4185	-0.2462	-0.345	-0.1118	0.2172	0.1684	-0.2137	0.244	-0.126	0.0779	0.2685	0.0331	0.0085	0.1649	0.0427	0.3143	14.726	46.71	8.827
12	6.2293	-2.0245	4.822	3.1756	-0.8715	0.4651	0.283	-0.2188	-0.2972	-0.171	-0.1557	0.414	0.1259	0.0789	-0.1273	0.2542	0.0175	0.0376	0.184	0.0275	0.3083	3.499	53.237	5.763
13	2.0102	-1.5878	0.8923	3.8854	-1.0638	-1.1789	0.1233	-0.2092	-0.1659	-0.1314	0.0077	-0.0566	0.0712	-0.158	-0.131	0.2684	0.0266	0.0164	0.1814	0.0078	0.309	12.069	51.686	5.38
14	12.6264	9.3894	-3.6734	7.1511	-0.4824	-0.9332	-0.1782	0.026	-0.268	-0.1423	-0.0495	-0.2776	0.1545	-0.0283	0.2276	0.2228	0.0779	0.0048	0.2108	0.0478	0.3256	24.838	50.428	8.922
15	19.4356	-7.4549	-3.178	11.9018	5.0045	17.497	0.1056	-1.3	0.1571	0.197	0.5323	-0.3611	0.4087	0.7838	-0.6379	0.2355	0.0947	-0.0582	0.232	0.0254	0.3075	29.633	53.063	11.23
16	6.7896	-0.4557	5.7308	0.4892	-1.6609	8.227	-0.0848	0.364	-0.0891	0.2746	-0.113	-0.0618	0.0422	0.1929	0.1978	0.2391	0.038	0.0045	0.1827	0.0335	0.3285	19.277	54.954	7.131
17	5.8301	-3.8202	4.6349	5.3258	-2.3829	1.4555	0.0046	0.2008	0.0368	-0.1869	-0.2037	-0.0437	0.2608	0.0504	0.1991	0.2475	0.0335	0.0255	0.231	-0.0049	0.3045	8.395	59.766	-0.796
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 7	4 - 7
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28	X-RAY DIFFRACTION	28	A	A	108 - 111	108 - 111
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103	X-RAY DIFFRACTION	103	B	B	160 - 163	160 - 163
104	X-RAY DIFFRACTION	104	B	B	164 - 167	164 - 167
105	X-RAY DIFFRACTION	105	B	B	168 - 171	168 - 171
106	X-RAY DIFFRACTION	106	B	B	172 - 175	172 - 175
107	X-RAY DIFFRACTION	107	B	B	176 - 179	176 - 179
108	X-RAY DIFFRACTION	108	B	B	180 - 183	180 - 183
109	X-RAY DIFFRACTION	109	B	B	184 - 187	184 - 187
110	X-RAY DIFFRACTION	110	B	B	188 - 191	188 - 191
111	X-RAY DIFFRACTION	111	B	B	192 - 195	192 - 195
112	X-RAY DIFFRACTION	112	B	B	196 - 199	196 - 199
113	X-RAY DIFFRACTION	113	B	B	200 - 203	200 - 203
114	X-RAY DIFFRACTION	114	B	B	204 - 207	204 - 207
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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