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- PDB-1rxg: DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE COMPLEXED WITH FE(II) AND 2-OXO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rxg
タイトルDEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE COMPLEXED WITH FE(II) AND 2-OXOGLUTARATE
要素DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FERROUS OXYGENASE / CEPHALOSPORIN / 2-OXOGLUTARATE / ANTIBIOTICS / MEROHEDRAL TWINNING
機能・相同性
機能・相同性情報


deacetoxycephalosporin-C synthase / deacetoxycephalosporin-C synthase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / L-ascorbic acid binding / antibiotic biosynthetic process / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Isopenicillin N synthase, conserved site / Isopenicillin N synthase signature 2. / : / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. ...B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Isopenicillin N synthase, conserved site / Isopenicillin N synthase signature 2. / : / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Deacetoxycephalosporin C synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Valegard, K. / Terwisscha Van Scheltinga, A.C. / Lloyd, M.D. / Hara, T. / Ramaswamy, S. / Perrakis, A. / Thompson, A. / Lee, H.J. / Baldwin, J.E. / Shofield, C.J. ...Valegard, K. / Terwisscha Van Scheltinga, A.C. / Lloyd, M.D. / Hara, T. / Ramaswamy, S. / Perrakis, A. / Thompson, A. / Lee, H.J. / Baldwin, J.E. / Shofield, C.J. / Hajdu, J. / Andersson, I.
引用
#1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 1994
タイトル: Substrate Specificity of Recombinant Streptomyces Clavuligerus Deacetoxycephalosporin C Synthase
著者: Morgan, N. / Pereira, I.A.C. / Andersson, I. / Adlington, R.M. / Baldwin, J.E. / Cole, S.E. / Crouch, N.P. / Sutherland, J.D.
履歴
登録1998年6月5日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42021年3月10日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8904
ポリマ－34,5921
非ポリマー2983
水5,350297
1
A: DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE
ヘテロ分子

A: DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE
ヘテロ分子

A: DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,66912
ポリマ－103,7753
非ポリマー8949
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area10570 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area30130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)107.700, 107.700, 71.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-668-

HOH

21A-694-

HOH

31A-706-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DEACETOXYCEPHALOSPORIN C SYNTHASE / RING EXPANDING ENZYME / RING EXPANDASE


分子量: 34591.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
プラスミド: PET 11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PET / 参照: UniProt: P18548
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: unknown / PH range low: 7.5 / PH range high: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.75 Mammonium sulfate11
25 mM2-oxoglutarate11
30.1 MHEPES11

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.8
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→16 Å / Num. obs: 42718 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 99.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97モデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.5→20 Å / Num. parameters: 20351 / Num. restraintsaints: 25242 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: REFINED AGAINST MEROHEDRALLY TWINNED INTENSITIES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.156 910 2 %RANDOM
obs0.125 -97.6 %-
all-48010 --
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 2072 / Occupancy sum non hydrogen: 2363.3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2157 0 16 297 2470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.362
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.053
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_chiral_restr / Dev ideal: 0.059

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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