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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rx9 | ||||||
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タイトル | DIHYDROFOLATE REDUCTASE (E.C.1.5.1.3) COMPLEXED WITH NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE (OXIDIZED FORM) | ||||||
![]() | DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NADP / TRIMETHOPRIM RESISTANCE / METHOTREXATE RESISTANCE / ONE-CARBON METABOLISM | ||||||
機能・相同性 | ![]() methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Sawaya, M.R. / Kraut, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Loop and subdomain movements in the mechanism of Escherichia coli dihydrofolate reductase: crystallographic evidence. 著者: Sawaya, M.R. / Kraut, J. #1: ![]() タイトル: Isomorphous Crystal Structures of Escherichia Coli Dihydrofolate Reductase Complexed with Folate, 5-Deazafolate, and 5,10-Dideazatetrahydrofolate: Mechanistic Implications 著者: Reyes, V.M. / Sawaya, M.R. / Brown, K.A. / Kraut, J. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Unliganded Escherichia Coli Dihydrofolate Reductase. Ligand-Induced Conformational Changes and Cooperativity in Binding 著者: Bystroff, C. / Kraut, J. #3: ![]() タイトル: Crystal Structures of Escherichia Coli Dihydrofolate Reductase: The Nadp+ Holoenzyme and the Folate.Nadp+ Ternary Complex. Substrate Binding and a Model for the Transition State 著者: Bystroff, C. / Oatley, S.J. / Kraut, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1dreC ![]() 1ra1C ![]() 1ra2C ![]() 1ra3C ![]() 1ra8C ![]() 1ra9C ![]() 1rb2C ![]() 1rb3C ![]() 1rc4C ![]() 1rd7C ![]() 1re7C ![]() 1rf7C ![]() 1rg7C ![]() 1rh3C ![]() 1rx1SC ![]() 1rx2C ![]() 1rx3C ![]() 1rx4C ![]() 1rx5C ![]() 1rx6C ![]() 1rx7C ![]() 1rx8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18020.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-BME / |
#4: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: macro seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年7月25日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 11575 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.046 Å / 冗長度: 1.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.137 / % possible all: 67 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 37929 / Rmerge(I) obs: 0.129 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 67 % / Rmerge(I) obs: 0.137 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1RX1 解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS AND KRETSINGER / Bsol: 217.4 Å2 / ksol: 0.87 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5-D / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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