PDB-1rwu: Solution structure of conserved protein YbeD from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rwu

タイトル

Solution structure of conserved protein YbeD from E. coli

要素

Hypothetical UPF0250 protein ybeD

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / mixed alpha-beta fold / Protein Structure Initiative / PSI / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

Uncharacterised protein family UPF0250, YbeD-like / YbeD-like domain superfamily / Protein of unknown function (DUF493) / ACT domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / cytosol / Alpha Beta / UPF0250 protein YbeD

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Kozlov, G. / Arrowsmith, C.H. / Gehring, K. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2004
タイトル: Structural similarity of YbeD protein from Escherichia coli to allosteric regulatory domains
著者: Kozlov, G. / Elias, D. / Semesi, A. / Yee, A. / Cygler, M. / Gehring, K.

履歴

登録	2003年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related ...database_2 / pdbx_database_related / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rwu.cif.gz	445.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rwu.ent.gz	380.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rwu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1rwu_validation.pdf.gz	350.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1rwu_full_validation.pdf.gz	479.3 KB	表示
XML形式データ	1rwu_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	1rwu_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/1rwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/1rwu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2xvt-8 3aqe-2 3aqe-5 2xvt-5 2xvt-6 5fm8-2 2xvt-4 3pe9-4 4umg-d 3k6d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ET105

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical UPF0250 protein ybeD

12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Hypothetical UPF0250 protein ybeD 分子量: 12422.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: YBED, B0631, C0721, Z0776, ECS0669, SF0650, S0672 プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8J4

#1: タンパク質

Hypothetical UPF0250 protein ybeD

分子量: 12422.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: YBED, B0631, C0721, Z0776, ECS0669, SF0650, S0672
プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8J4

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	HNHA
1	3	2	2D NOESY
1	4	3	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard triple-resonance and homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2mM YbeD U-15N; 50mM phosphate buffer; 300mM NaCl; 0.1mM sodium azide	90% H2O/10% D2O
2	2mM YbeD; 50mM phosphate buffer; 300mM NaCl; 0.1mM sodium azide	90% H2O/10% D2O
3	2mM YbeD; 50mM phosphate buffer; 300mM NaCl; 0.1mM sodium azide	100% D2O

試料状態

イオン強度: 300mM NaCl / pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.1	Bruker Biospin	collection
XwinNMR	2.1	Bruker Biospin	解析
Gifa	4.31	Delsuc	解析
XEASY	1.3.13	Wuthrich	データ解析
CYANA	1.0.6	Guentert	構造決定
Xplor-NIH	2.9.2	Clore	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 556 restraints, 393 are NOE-derived distance constraints, 131 TALOS-derived dihedral angle restraints, 32 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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