[日本語] English
万見
- PDB-1rwa: Crystal structure of Arthrobacter aurescens chondroitin AC lyase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rwa
タイトルCrystal structure of Arthrobacter aurescens chondroitin AC lyase
要素chondroitin AC lyase
キーワードLYASE / chondroitinase / chondroitin lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon-oxygen lyase activity, acting on polysaccharides / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Polysaccharide lyase 8 / Polysaccharide lyase 8, N-terminal alpha-helical / Polysaccharide lyase family 8, N terminal alpha-helical domain / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8, central domain / Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 ...Polysaccharide lyase 8 / Polysaccharide lyase 8, N-terminal alpha-helical / Polysaccharide lyase family 8, N terminal alpha-helical domain / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8, central domain / Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Distorted Sandwich / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chondroitinase (Chondroitin lyase)
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter aurescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Lunin, V.V. / Li, Y. / Miyazono, H. / Kyogashima, M. / Bell, A.W. / Cygler, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: High-resolution crystal structure of Arthrobacter aurescens chondroitin AC lyase: an enzyme-substrate complex defines the catalytic mechanism
著者: Lunin, V.V. / Li, Y. / Linhardt, R.J. / Miyazono, H. / Kyogashima, M. / Kaneko, T. / Bell, A.W. / Cygler, M.
履歴
登録2003年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32012年5月9日Group: Other
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: chondroitin AC lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8348
ポリマ－79,8641
非ポリマー9707
水19,8711103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.356, 85.256, 82.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 chondroitin AC lyase


分子量: 79863.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arthrobacter aurescens (バクテリア) / 参照: UniProt: P84141, chondroitin AC lyase
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.4
詳細: PEG 8000, ammonium acetate, glycerol, phosphate buffer, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.40

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.005133, 1.009078, 0.997068
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0051331
21.0090781
30.9970681
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 183424 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.08精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→28.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.557 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.156 1800 1 %RANDOM
Rwork0.134 ---
obs0.134 178604 100 %-
all-178604 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.41 Å20 Å2-0.07 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→28.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5600 0 27 1103 6730
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0215841
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8721.947949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.142312286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2355757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.76223.333237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.74315897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9571541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1830.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.026609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021205
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2930.25979
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.23044
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3740.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3270.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8491.53739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.47325979
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09132102
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0564.51970
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.81825841
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.84921103
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.47425720
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.202 97
Rwork0.159 10795

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る