+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rv8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase from Thermus aquaticus in complex with cobalt | ||||||
要素 | fructose-1,6-bisphosphate aldolase | ||||||
キーワード | LYASE / class II aldolase / metal-depdendent aldolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tagatose-bisphosphate aldolase activity / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus aquaticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Izard, T. / Sygusch, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Induced Fit Movements and Metal Cofactor Selectivity of Class II Aldolases: STRUCTURE OF THERMUS AQUATICUS FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE. 著者: Izard, T. / Sygusch, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rv8.cif.gz | 259.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1rv8.ent.gz | 208.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rv8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rv8_validation.pdf.gz | 404.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1rv8_full_validation.pdf.gz | 428 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rv8_validation.xml.gz | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rv8_validation.cif.gz | 44.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/1rv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/1rv8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33141.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RHA2, fructose-bisphosphate aldolase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CO / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.88 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 温度: 295 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9791, 0.9783, 0.93, 1.105 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
| |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 68760 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 14.4 % / Num. measured all: 989324 / Rmerge(I) obs: 0.075 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.8 % / Rmerge(I) obs: 0.195 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→40.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1877215.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.4268 Å2 / ksol: 0.353232 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.43 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 40.4 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.303 |