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- PDB-1rtx: Crystal Structure of Synechocystis Hemoglobin with a Covalent Hem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rtx
タイトルCrystal Structure of Synechocystis Hemoglobin with a Covalent Heme Linkage
要素Cyanoglobin
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Synechocystis hemoglobin / hexacoordinate / hemichrome / truncated / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Truncated hemoglobin, group 1 / Globin, bacterial-like, conserved site / Protozoan/cyanobacterial globins signature. / Truncated hemoglobin / Bacterial-like globin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Group 1 truncated hemoglobin GlbN
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hoy, J.A. / Kundu, S. / Trent, J.T. / Ramaswamy, S. / Hargrove, M.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The crystal structure of synechocystis hemoglobin with a covalent heme linkage.
著者: Hoy, J.A. / Kundu, S. / Trent, J.T. / Ramaswamy, S. / Hargrove, M.S.
履歴
登録2003年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7346
ポリマ－13,7571
非ポリマー9765
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.500, 46.000, 61.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Biological unit is a monomer, four in the asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cyanoglobin / Hemoglobin / Hb


分子量: 13757.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: GLBN, SLR2097 / プラスミド: pet28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P73925

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非ポリマー , 5種, 84分子

#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG MME 5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.01 cadmium chloride, 0.1M MES, 0.01M potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)波長
シンクロトロンSSRL BL1-511.737570, 1.239793, 1.739925
回転陽極RIGAKU RU20021.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2002年12月3日1M RH COATED BENT CYLINDRICAL M
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2002年1月20日Osmic confocal
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
12-CRYSTAL, SI111MADMx-ray1
2NULLSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.737571
21.2397931
31.7399251
41.54181
反射解像度: 1.8→36.76 Å / Num. all: 10922 / Num. obs: 10617 / % possible obs: 97.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.211 / % possible all: 78.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータスケーリング
d*TREKデータ削減
REFMAC5.1.24精密化
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→36.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 649 5.8 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.218 10922 --
obs0.218 10617 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2---1.45 Å20 Å2
3---1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数969 0 51 79 1099
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211043
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.9562.0121419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7745122
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8231.5608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4692962
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3123435
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5824.5457
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 35 -
Rwork0.252 645 -
obs-645 78.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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