[日本語] English
万見
- PDB-1rtw: X-ray Structure of PF1337, a TenA Homologue from Pyrococcus furio... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rtw
タイトルX-ray Structure of PF1337, a TenA Homologue from Pyrococcus furiosus. Northeast Structural Genomics Research Consortium (Nesg) Target PFR34
要素transcriptional activator, putative
キーワードstructural genomics / unknown function / pf1337 / tena / thiamin / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Thiaminase-2/PQQC / TENA/THI-4/PQQC family / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MP5 / PHOSPHATE ION / Transcriptional activator, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Benach, J. / Edstrom, W.C. / Lee, I. / Rong, X. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: The 2.35 A structure of the TenA homolog from Pyrococcus furiosus supports an enzymatic function in thiamine metabolism.
著者: Benach, J. / Edstrom, W.C. / Lee, I. / Das, K. / Cooper, B. / Xiao, R. / Liu, J. / Rost, B. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F.
履歴
登録2003年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
Remark 600ligand THE NATURE OF THE LIGAND IS TENTATIVE. THE LIGAND MP5 IS IS CLEARLY VISIBLE ONLY IN MONOMER ...ligand THE NATURE OF THE LIGAND IS TENTATIVE. THE LIGAND MP5 IS IS CLEARLY VISIBLE ONLY IN MONOMER A. IN THE OTHER MONOMERS, ONLY THE PHOSPHATE PART OF THE LIGAND HAS BEEN MODELLED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: transcriptional activator, putative
B: transcriptional activator, putative
C: transcriptional activator, putative
D: transcriptional activator, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5518
ポリマ－107,0474
非ポリマー5044
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8330 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area33170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.8, 123.65, 77.47
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
transcriptional activator, putative


分子量: 26761.631 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) containing rare-tRNA expression plasmid pMGK
参照: UniProt: Q8U189
#2: 化合物 ChemComp-MP5 / (4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / りん酸2-メチル-4-アミノ-5-ピリミジニルメチル


分子量: 219.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O4P
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG400, 200mM CaCl2, 50mM cacodylic acid, 1mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
120 %PEG4001reservoir
2200 mM1reservoirCaCl2
31 mMdithiothreitol1reservoir
450 mMcacodylate1reservoirpH7.5
58 mg/mlprotein1drop
610 mMTris1drop
7100 mM1dropNaCl
85 mMdithiothreitol1droppH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.979, 0.9794, 0.95
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月12日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97941
30.951
反射解像度: 2.35→100 Å / Num. obs: 40075 / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 3.7
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 73637 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.3 % / Num. measured all: 239958 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.43 Å / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 3.3 % / Num. unique obs: 6861 / Num. measured obs: 22349 / Rmerge(I) obs: 0.33

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.35→20 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
Rfactor反射数
Rfree0.281 2003
Rwork0.24 -
obs-40075
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7085 0 29 234 7348
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.1
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.35 Å / 最低解像度: 2.43 Å / Rfactor Rfree: 0.31 / Rfactor Rwork: 0.27

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る