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- PDB-1rtf: COMPLEX OF BENZAMIDINE WITH THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN TWO CHA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rtf
タイトルCOMPLEX OF BENZAMIDINE WITH THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN TWO CHAIN TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR [(TC)-T-PA]
要素(TWO CHAIN TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR) x 2
キーワードSERINE PROTEASE / FIBRINOLYTIC ENZYMES
機能・相同性
機能・相同性情報


t-plasminogen activator / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / prevention of polyspermy / Signaling by PDGF / negative regulation of plasminogen activation / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of fibrinolysis ...t-plasminogen activator / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / prevention of polyspermy / Signaling by PDGF / negative regulation of plasminogen activation / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of fibrinolysis / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / negative regulation of proteolysis / secretory granule / phosphoprotein binding / protein modification process / Schaffer collateral - CA1 synapse / blood coagulation / apical part of cell / response to hypoxia / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / glutamatergic synapse / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tissue plasminogen activator / Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / EGF-like domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site ...Tissue plasminogen activator / Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / EGF-like domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / PHOSPHATE ION / Tissue-type plasminogen activator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bode, W. / Lamba, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The 2.3 A crystal structure of the catalytic domain of recombinant two-chain human tissue-type plasminogen activator
著者: Lamba, D. / Bauer, M. / Huber, R. / Fischer, S. / Rudolph, R. / Kohnert, U. / Bode, W.
履歴
登録1995年11月10日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TWO CHAIN TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR
B: TWO CHAIN TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4944
ポリマ－30,2792
非ポリマー2152
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.200, 59.200, 136.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TWO CHAIN TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR / (TC)-T-PA


分子量: 2121.343 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: t-plasminogen activator
#2: タンパク質 TWO CHAIN TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR / (TC)-T-PA


分子量: 28157.883 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00750, t-plasminogen activator
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
13 mg/mlprotein1drop
210 mM1dropKH2PO4
310 mMbenzamidine1drop
40.2 MHEPES1reservoir
520 %(v/v)ethanol1reservoircan be replaced by isopropanol

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 12894 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 65287
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.36 Å / % possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.333

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.265 -
Rwork0.184 -
obs0.184 11836
原子変位パラメータBiso mean: 31.4 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1925 0 9 56 1990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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