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万見
- PDB-1rso: Hetero-tetrameric L27 (Lin-2, Lin-7) domain complexes as organiza... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rso
タイトルHetero-tetrameric L27 (Lin-2, Lin-7) domain complexes as organization platforms of supra-molecular assemblies
要素
  • Peripheral plasma membrane protein CASK
  • Presynaptic protein SAP97
キーワードNEUROPEPTIDE/MEMBRANE PROTEIN / L27 domain / scaffold protein / protein assembly / cell polarity / NEUROPEPTIDE-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


podocyte foot / tissue morphogenesis / L27 domain binding / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / MPP7-DLG1-LIN7 complex / negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / regulation of potassium ion export across plasma membrane / membrane raft organization / Neurexins and neuroligins ...podocyte foot / tissue morphogenesis / L27 domain binding / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / MPP7-DLG1-LIN7 complex / negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / regulation of potassium ion export across plasma membrane / membrane raft organization / Neurexins and neuroligins / establishment of centrosome localization / neurexin family protein binding / myelin sheath abaxonal region / structural constituent of postsynaptic density / astral microtubule organization / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / embryonic skeletal system morphogenesis / negative regulation of p38MAPK cascade / epithelial structure maintenance / reproductive structure development / immunological synapse formation / peristalsis / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / lateral loop / receptor localization to synapse / negative regulation of wound healing / smooth muscle tissue development / bicellular tight junction assembly / cell projection membrane / paranode region of axon / regulation of neurotransmitter secretion / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / cortical microtubule organization / nuclear lamina / Trafficking of AMPA receptors / protein localization to synapse / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / positive regulation of potassium ion transport / hard palate development / apical dendrite / protein-containing complex localization / node of Ranvier / amyloid precursor protein metabolic process / calcium ion import / endothelial cell proliferation / Synaptic adhesion-like molecules / RAF/MAP kinase cascade / lens development in camera-type eye / cortical actin cytoskeleton organization / regulation of myelination / ureteric bud development / ciliary membrane / branching involved in ureteric bud morphogenesis / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / receptor clustering / positive regulation of calcium ion import / positive regulation of actin filament polymerization / regulation of synaptic vesicle exocytosis / microvillus / basement membrane / kinesin binding / lateral plasma membrane / immunological synapse / negative regulation of cell-matrix adhesion / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / bicellular tight junction / negative regulation of keratinocyte proliferation / potassium channel regulator activity / postsynaptic density, intracellular component / T cell proliferation / phosphatase binding / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / negative regulation of T cell proliferation / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / actin filament polymerization / ionotropic glutamate receptor binding / T-tubule / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase C binding / basal plasma membrane / synaptic membrane / T cell activation / actin filament organization / regulation of membrane potential / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / PDZ domain binding / neuromuscular junction / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / establishment of localization in cell / cell-cell adhesion / postsynaptic density membrane / positive regulation of insulin secretion / cerebral cortex development / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / kinase binding / Schaffer collateral - CA1 synapse
類似検索 - 分子機能
L27 domain / CASK, SH3 domain / Helix hairpin bin / L27-1 / L27_1 / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain ...L27 domain / CASK, SH3 domain / Helix hairpin bin / L27-1 / L27_1 / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / SH3 domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Helix Hairpins / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Disks large homolog 1 / Peripheral plasma membrane protein CASK
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Feng, W. / Long, J.-F. / Fan, J.-S. / Suetake, T. / Zhang, M.
引用ジャーナル: NAT.STRUCT.MOL.BIOL. / 年: 2004
タイトル: The tetrameric L27 domain complex as an organization platform for supramolecular assemblies
著者: Feng, W. / Long, J.-F. / Fan, J.-S. / Suetake, T. / Zhang, M.
履歴
登録2003年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Presynaptic protein SAP97
B: Peripheral plasma membrane protein CASK
C: Presynaptic protein SAP97
D: Peripheral plasma membrane protein CASK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1304
ポリマ－27,1304
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #11minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Presynaptic protein SAP97 / SAP97


分子量: 7236.097 Da / 分子数: 2 / 断片: L27 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62696
#2: タンパク質 Peripheral plasma membrane protein CASK / mLin-2/CASK


分子量: 6329.000 Da / 分子数: 2 / 断片: L27N domain / Mutation: C363S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q62915, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
133HNCO, HNCA, HN(CO)CA, HN(CA)CB, CBCA(CO)NH
1443D 13C-separated NOESY
15513C-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM unlabelled L27S/L27N complex in 99.9% D2O; 100mM potassium phosphate99.9% D2O
21.5mM uniformly 15N labelled L27S/L27N complex in 90% H2O/10% D2O; 100mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
31.5mM uniformly 15N/13C labelled L27S/L27N complex in 90% H2O/10% D2O; 100mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
41.5mM uniformly 15N/13C labelled L27S/L27N complex in 99.9% D2O; 100mM potassium phosphate99.9% D2O
51.5mM 10% 13C labelled L27S/L27N complex in 90% H2O/10% D2O; 100mM potassium phosphate90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM potassium phosphate / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, A.T.構造決定
CNS1.1Brunger, A.T.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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