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- PDB-1rrb: THE RAS-BINDING DOMAIN OF RAF-1 FROM RAT, NMR, 1 STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rrb
タイトルTHE RAS-BINDING DOMAIN OF RAF-1 FROM RAT, NMR, 1 STRUCTURE
要素RAF PROTO-ONCOGENE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
キーワードTRANSFERASE / RAF-1 / RAS-BINDING DOMAIN / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


CD209 (DC-SIGN) signaling / GP1b-IX-V activation signalling / Rap1 signalling / Stimuli-sensing channels / RAF activation / death-inducing signaling complex assembly / Negative feedback regulation of MAPK pathway / IFNG signaling activates MAPKs / Negative regulation of MAPK pathway / MAP2K and MAPK activation ...CD209 (DC-SIGN) signaling / GP1b-IX-V activation signalling / Rap1 signalling / Stimuli-sensing channels / RAF activation / death-inducing signaling complex assembly / Negative feedback regulation of MAPK pathway / IFNG signaling activates MAPKs / Negative regulation of MAPK pathway / MAP2K and MAPK activation / intermediate filament cytoskeleton organization / type B pancreatic cell proliferation / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / mitogen-activated protein kinase kinase binding / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / intracellular glucose homeostasis / face development / pseudopodium / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / thyroid gland development / somatic stem cell population maintenance / adenylate cyclase binding / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of protein-containing complex assembly / Schwann cell development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / response to muscle stretch / myelination / adenylate cyclase activator activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / small GTPase binding / MAPK cascade / insulin receptor signaling pathway / heart development / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / cell differentiation / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / response to hypoxia / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Terada, T. / Ito, Y. / Shirouzu, M. / Tateno, M. / Hashimoto, K. / Kigawa, T. / Ebisuzaki, T. / Takio, K. / Shibata, T. / Yokoyama, S. ...Terada, T. / Ito, Y. / Shirouzu, M. / Tateno, M. / Hashimoto, K. / Kigawa, T. / Ebisuzaki, T. / Takio, K. / Shibata, T. / Yokoyama, S. / Smith, B.O. / Laue, E.D. / Cooper, J.A. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Nuclear magnetic resonance and molecular dynamics studies on the interactions of the Ras-binding domain of Raf-1 with wild-type and mutant Ras proteins.
著者: Terada, T. / Ito, Y. / Shirouzu, M. / Tateno, M. / Hashimoto, K. / Kigawa, T. / Ebisuzaki, T. / Takio, K. / Shibata, T. / Yokoyama, S. / Smith, B.O. / Laue, E.D. / Cooper, J.A.
履歴
登録1998年3月26日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAF PROTO-ONCOGENE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9611
ポリマ－11,9611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 80CLOSEST TO THE AVERAGE OF 20 LEAST ENERGY STRUCTURES
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 RAF PROTO-ONCOGENE SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / RAF-1 RBD


分子量: 11960.821 Da / 分子数: 1 / 断片: RAS-BINDING DOMAIN, RESIDUES 56-131 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET-RID / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P11345, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H-1H NOESY
1211H-15N HSQC
1313D 15N-EDITED NOESY
1413D 15N-EDITED TOCSY
151HMQC-J
1613D HNCA
1713D (H)CCH-TOCSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C/15N-LABELED RAF-1 RBD

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試料調製

詳細内容: 20 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.5)
試料状態イオン強度: 5 mM MGCL2 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
Felix2.3構造決定
Azara1構造決定
X-PLOR3.1構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: SIMULATED ANNEALING REFINEMENT FOR NMR STRUCTURE DETERMINATION
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: CLOSEST TO THE AVERAGE OF 20 LEAST ENERGY STRUCTURES
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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