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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rpo | ||||||
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タイトル | RESTORED HEPTAD PATTERN CONTINUITY DOES NOT ALTER THE FOLDING OF A 4-ALPHA-HELICAL BUNDLE | ||||||
要素 | ROP PROTEIN | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REGULATION | ||||||
機能・相同性 | Helix Hairpins - #230 / Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Vlassi, M. / Kokkinidis, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994 タイトル: Restored heptad pattern continuity does not alter the folding of a four-alpha-helix bundle. 著者: Vlassi, M. / Steif, C. / Weber, P. / Tsernoglou, D. / Wilson, K.S. / Hinz, H.J. / Kokkinidis, M. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1993 タイトル: Correlation between Protein Stability and Crystal Properties of Designed Rop Variants 著者: Kokkinidis, M. / Vlassi, M. / Papanikolaou, Y. / Kotsifaki, D. / Kingswell, A. / Tsernoglou, D. / Hinz, H.J. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Structure of the Col(Asterisk)E1 (Asterisk)Rop Protein at 1.7 Angstroms Resolution 著者: Banner, D.W. / Kokkinidis, M. / Tsernoglou, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rpo.cif.gz | 25.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rpo.ent.gz | 17 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rpo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rpo_validation.pdf.gz | 362.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rpo_full_validation.pdf.gz | 362.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rpo_validation.xml.gz | 2.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rpo_validation.cif.gz | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/1rpo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/1rpo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE MOLECULE EXISTS IN SOLUTION AS A DIMER WHICH IS FORMED IN THE CRYSTAL BY THE CRYSTALLOGRAPHIC DYAD AXIS. THE SECOND MONOMER RESULTS FROM THE TRANSFORMATION: W' = R W +T WHERE W IS THE COLUMN VECTOR XSUB,YSUB,ZSUB R IS THE ROTATION MATRIX: SYMTY1 1 -0.999780 0.000000 0.000230 40.86282 SYMTY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMTY3 1 0.000000 0.000000 -1.000020 31.25076 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7379.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03051 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.79 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5.4 / PH range high: 5 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / Num. obs: 10456 / % possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.043 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.4→6 Å / σ(I): 1.5 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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