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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1row | ||||||
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タイトル | Structure of SSP-19, an MSP-domain protein like family member in Caenorhabditis elegans | ||||||
![]() | MSP-domain protein like family member | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schormann, N. / Symersky, J. / Carson, M. / Luo, M. / Lin, G. / Li, S. / Qiu, S. / Arabashi, A. / Bunzel, B. / Luo, D. ...Schormann, N. / Symersky, J. / Carson, M. / Luo, M. / Lin, G. / Li, S. / Qiu, S. / Arabashi, A. / Bunzel, B. / Luo, D. / Nagy, L. / Gray, R. / Luan, C.-H. / Zhang, J. / Lu, S. / DeLucas, L. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of sperm-specific protein SSP-19 from Caenorhabditis elegans. 著者: Schormann, N. / Symersky, J. / Luo, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1m1sS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11022.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: BRISTOL N2 (Clone C55C2) / Cell: SPERM / 遺伝子: SSP-19 / プラスミド: pET28B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.8 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.7M lithium sulfate, 0.05M Mes, 0.1M magnesium chloride, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 295 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月24日 / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 11037 / Num. obs: 11037 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 33.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Num. unique all: 747 / Rsym value: 0.066 / % possible all: 60.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 8710 / % possible obs: 92.4 % / Num. measured all: 28027 / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.28 Å / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 3 % / Num. unique obs: 852 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Mean I/σ(I) obs: 21.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: Homology model (Swiss Model)based on PDB Entry 1M1S 解像度: 2→19.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 525587.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: In initial stages restrained NCS was used, but later the two monomers were refined independently
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.6843 Å2 / ksol: 0.363445 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 24.79 Å / Num. reflection obs: 8637 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.219 / Rfactor Rfree![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.34 Å / Rfactor Rfree: 0.327 / Rfactor Rwork: 0.207 / Num. reflection Rwork: 1217 / Rfactor obs: 0.237 |