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万見
- PDB-1rnb: CRYSTAL STRUCTURE OF A BARNASE-D(*GP*C) COMPLEX AT 1.9 ANGSTROMS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rnb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A BARNASE-D(*GP*C) COMPLEX AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • BARNASE
  • DNA (5'-D(*GP*C)-3')
キーワードENDONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Barnase / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / ribonuclease / Microbial ribonucleases / Ribonuclease/ribotoxin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Janin, J. / Baudet, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystal structure of a barnase-d(GpC) complex at 1.9 A resolution.
著者: Baudet, S. / Janin, J.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: Molecular Structures of a New Family of Ribonucleases
著者: Mauguen, Y. / Hartley, R.W. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Bricogne, G. / Chothia, C. / Jack, A.
履歴
登録1991年3月19日処理サイト: NDB
改定 1.01992年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*GP*C)-3')
A: BARNASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0683
ポリマ－12,9722
非ポリマー961
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.970, 57.970, 85.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Atom site foot note1: THE SIDE CHAINS OF RESIDUES 2, 59, 60, AND 62 HAVE NO DENSITY.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*C)-3')


分子量: 573.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
参照: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 BARNASE


分子量: 12398.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
参照: UniProt: P00648
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13.0 Mammonium sulfate1drop
20.7 mMBarnase1reservoir
33.5 mMd(GpC)1reservoir
41.5 Mammonium sulphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 12204 / Num. measured all: 26792 / Rmerge(I) obs: 0.058

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.214 / 最高解像度: 1.9 Å
詳細: THE DINUCLEOTIDE IS BOUND IN NON-PRODUCTIVE MODE AND IS INVOLVED IN CRYSTAL CONTACTS. THE SIDE CHAINS OF RESIDUES 2, 59, 60, AND 62 HAVE NO DENSITY.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数869 38 5 96 1008
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d0.059
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 5.5 Å / Num. reflection all: 10578 / Num. reflection obs: 9679 / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.214 / Rfactor Rwork: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d0.050.061
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.014
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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