PDB-1rls: CRYSTAL STRUCTURE OF RNASE T1 COMPLEXED WITH THE PRODUCT NUCLEOTI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rls

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF RNASE T1 COMPLEXED WITH THE PRODUCT NUCLEOTIDE 3'-GMP. STRUCTURAL EVIDENCE FOR DIRECT INTERACTION OF HISTIDINE 40 AND GLUTAMIC ACID 58 WITH THE 2'-HYDROXYL GROUP OF RIBOSE

要素

RIBONUCLEASE T1

キーワード

HYDROLASE(ENDORIBONUCLEASE)

機能・相同性

機能・相同性情報

hyphal tip / ribonuclease T1 / ribonuclease T1 activity / cell septum / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus oryzae (米麹菌)

手法

X線回折 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Gohda, K. / Oka, K.-I. / Tomita, K.-I. / Hakoshima, T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of RNase T1 complexed with the product nucleotide 3'-GMP. Structural evidence for direct interaction of histidine 40 and glutamic acid 58 with the 2'-hydroxyl group of the ribose.
著者: Gohda, K. / Oka, K. / Tomita, K. / Hakoshima, T.

履歴

登録	1994年3月29日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1994年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type Item: _pdbx_database_status.process_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rls.cif.gz	30.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rls.ent.gz	23.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rls.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1rls_validation.pdf.gz	456.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1rls_full_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示
XML形式データ	1rls_validation.xml.gz	4.2 KB	表示
CIF形式データ	1rls_validation.cif.gz	6.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/1rls ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/1rls	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5bu4-d 5gsp-d 2gsp-d 1bu4-d 1i2f-d 1rgc-1 1trq-1 7gsp-1 5bir-2 3hoh-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RIBONUCLEASE T1

ヘテロ分子

11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.140, 51.060, 40.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

Atom site foot note

1: CIS PROLINE - PRO 39 / 2: CIS PROLINE - PRO 55

#1: タンパク質	RIBONUCLEASE T1 分子量: 11093.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-3GP / GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE / 3′-GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.99 %

結晶化

*PLUS

温度: 15 ℃ / pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	1.0 mM	enzyme	1	drop
2	60 %(v/v)	MPD	1	reservoir
3	10 mM	acetate	1	reservoir
4	1.0 mM	3'-GMP	1	drop

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	モデル構築
PROFFT	精密化
X-PLOR	精密化
X-PLOR	位相決定

精密化

解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 1 /

	R_factor	反射数
obs	0.167	6046

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	778	0	25	94	897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.017	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.04	0.035
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.044	0.045
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.016	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.169	0.14
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd	0.17	0.25
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd	0.163	0.25
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd	0.189	0.25
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor	3	3
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor	17.6	15
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor	24.1	20
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor

ソフトウェア

*PLUS

名称: PROFFT/X-PLOR / 分類: refinement

精密化

*PLUS

R_factor obs: 0.167

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	x_plane_restr
X-RAY DIFFRACTION	x_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

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関連情報:EMDBヘッダ

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