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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rl2 | ||||||
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タイトル | RIBOSOMAL PROTEIN L2 RNA-BINDING DOMAIN FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS | ||||||
![]() | PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L2) | ||||||
![]() | RIBOSOMAL PROTEIN / RNA-BINDING DOMAIN / PEPTIDYLTRANSFEREASE CENTER | ||||||
機能・相同性 | ![]() transferase activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakagawa, A. / Hosaka, H. / Nakashima, T. / Tanaka, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The three-dimensional structure of the RNA-binding domain of ribosomal protein L2; a protein at the peptidyl transferase center of the ribosome. 著者: Nakagawa, A. / Nakashima, T. / Taniguchi, M. / Hosaka, H. / Kimura, M. / Tanaka, I. #1: ![]() タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic study of a 23S rRNA binding domain of the ribosomal protein L2 from Bacillus stearothermophilus 著者: Nakashima, T. / Kimura, M. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 367.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 372.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999427, -0.006932, 0.033133), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14930.819 Da / 分子数: 2 / 変異: METHIONINES ARE SUBSTITUED BY SELONOMETHIONINE / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET-22B / 遺伝子 (発現宿主): L2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE WEISSENBERG METHOD | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEK20000 IN 0.1M MES PH6, pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月15日 / 詳細: FOCUSING MIRRORS | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 11430 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.3 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.8 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 45101 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.4 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight Biso : 0.2 / Weight position: 5
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.258 |