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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rkm | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF OPPA | ||||||
![]() | OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN | ||||||
![]() | BINDING PROTEIN / PEPTIDE TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sleigh, S.H. / Tame, J.R.H. / Wilkinson, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Peptide binding in OppA, the crystal structures of the periplasmic oligopeptide binding protein in the unliganded form and in complex with lysyllysine. 著者: Sleigh, S.H. / Tame, J.R. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J. #1: ![]() タイトル: The Role of Water in Sequence-Independent Ligand Binding by an Oligopeptide Transporter Protein 著者: Tame, J.R. / Sleigh, S.H. / Wilkinson, A.J. / Ladbury, J.E. #2: ![]() タイトル: Structure Determination of Oppa at 2.3 Angstroms Resolution Using Multiple Wavelength Anomalous Methods 著者: Glover, I.D. / Denny, R. / Nguti, N.D. / Mcsweeney, S. / Thompson, A. / Dodson, E. / Wilkinson, A.J. / Tame, J.R.H. #3: ![]() タイトル: The Crystal Structures of the Oligopeptide-Binding Protein Oppa Complexed with Tripeptide and Tetrapeptide Ligands 著者: Tame, J.R. / Dodson, E.J. / Murshudov, G. / Higgins, C.F. / Wilkinson, A.J. #4: ![]() タイトル: The Structural Basis of Sequence-Independent Peptide Binding by Oppa Protein 著者: Tame, J.R. / Murshudov, G.N. / Dodson, E.J. / Neil, T.K. / Dodson, G.G. / Higgins, C.F. / Wilkinson, A.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE HELIX AND SHEET RECORDS PRESENTED HERE DIFFER FROM THE LIST THAT THE PDB HAS GENERATED ...SHEET THE HELIX AND SHEET RECORDS PRESENTED HERE DIFFER FROM THE LIST THAT THE PDB HAS GENERATED USING DSSP WHICH APPEAR ON ACTUAL HELIX AND SHEET RECORDS FURTHER DOWN IN THE ENTRY. BECAUSE OF LINE LENGTH LIMITATIONS THE FORMAT OF THE SHEET INFORMATION PRESENTED IN THIS REMARK HAS BEEN MODIFIED. HELIX 1 1 VAL A 34 LEU A 43 1 HELIX 2 2 HIS A 91 ALA A 101 1 HELIX 3 3 TYR A 112 GLY A 116 1 HELIX 4 4 ILE A 121 ALA A 126 1 HELIX 5 5 LYS A 169 PHE A 175 1 HELIX 6 6 GLU A 229 SER A 238 1 HELIX 7 7 ILE A 250 GLU A 259 1 HELIX 8 8 VAL A 287 ALA A 296 1 HELIX 9 9 ARG A 299 LYS A 305 1 HELIX 10 10 GLN A 337 ALA A 351 1 HELIX 11 11 ASP A 369 LEU A 386 1 HELIX 12 12 TRP A 397 GLN A 406 1 HELIX 13 13 THR A 424 LEU A 427 1 HELIX 14 14 PRO A 444 LYS A 455 1 HELIX 15 15 ASP A 459 ASP A 476 1 SH 1 A 7 VAL A 264 PRO A 268 0 SH 2 A 7 VAL A 486 LEU A 490 -1 N ARG A 489 O ARG A 265 SH 3 A 7 ASP A 242 TYR A 245 -1 N THR A 244 O LEU A 490 SH 4 A 7 THR A 14 ASN A 18 1 N ASN A 18 O MET A 243 SH 5 A 7 GLN A 220 LEU A 224 1 N GLN A 220 O LEU A 15 SH 6 A 7 ARG A 201 ARG A 206 -1 N LEU A 204 O VAL A 221 SH 7 A 7 TYR A 191 VAL A 197 -1 N VAL A 197 O ARG A 201 SH 1 B 4 ALA A 61 LYS A 67 0 SH 2 B 4 VAL A 71 LEU A 76 -1 N HIS A 75 O GLU A 62 SH 3 B 4 THR A 143 THR A 147 -1 N VAL A 146 O TRP A 72 SH 4 B 4 VAL A 136 ASP A 140 -1 N ASP A 140 O THR A 143 SH 1 C 5 ASN A 389 GLN A 395 0 SH 2 C 5 THR A 360 ASN A 366 1 O TYR A 365 N GLN A 395 SH 3 C 5 VAL A 411 CYS A 417 1 O VAL A 411 N LEU A 364 SH 4 C 5 CYS A 271 ILE A 277 -1 N GLU A 276 O ALA A 412 SH 5 C 5 ILE A 479 TYR A 484 -1 N TYR A 483 O TYR A 273 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 370.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 394.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58878.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 解説: THE OLIGOPEPTIDE BINDING PROTEIN OPPA IS SYNTHESISED AS A 542 AMINO ACID PRE-PROTEIN. THE 25 AMINO ACID SIGNAL PEPTIDE IS CLEAVED FROM THE N-TERMINUS TO GIVE A 517 RESIDUE MATURE PROTEIN IN ...解説: THE OLIGOPEPTIDE BINDING PROTEIN OPPA IS SYNTHESISED AS A 542 AMINO ACID PRE-PROTEIN. THE 25 AMINO ACID SIGNAL PEPTIDE IS CLEAVED FROM THE N-TERMINUS TO GIVE A 517 RESIDUE MATURE PROTEIN IN THE PERIPLASMIC SPACE. ALL 517 RESIDUES ARE VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP. 参照: UniProt: P06202 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 3M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES PH7.5, 0.2M NACL AND 20MG/ML OPPA | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月8日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 30015 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 112007 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: OLIGOPEPTIDE BINDING PROTEIN, PDB CODE 2OLB 解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |