PDB-1rki: Structure of pag5_736 from P. aerophilum with three disulphide bonds

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rki

タイトル

Structure of pag5_736 from P. aerophilum with three disulphide bonds

要素

hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / (beta-alpha-beta)x2 / beta-loop-beta-beta / CxxC motif

機能・相同性

機能・相同性情報

PDO, CxxC motif / Protein of unknown function DUF3195 / : / Protein of unknown function (DUF3195) N-terminal domain / Protein of unknown function (DUF3195) C-terminal domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Pyrobaculum aerophilum (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Beeby, M. / Ryttersgaard, C. / Boutz, D.R. / Perry, L.J. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2005
タイトル: The Genomics of Disulfide Bonding and Protein Stabilization in Thermophiles.
著者: Beeby, M. / Ryttersgaard, C. / Boutz, D.R. / Perry, L.J. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2003年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rki.cif.gz	57.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rki.ent.gz	41.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rki.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1rki_validation.pdf.gz	741.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1rki_full_validation.pdf.gz	743.4 KB	表示
XML形式データ	1rki_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	1rki_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/1rki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/1rki	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4rmt-d 1dwz-d 3dhm-d 2opd-2 3dhj-d 1qm0-d 3iwc-3 2c5z-d 2yxf-d 4lw9-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein

B: hypothetical protein

ヘテロ分子

24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.483, 43.717, 52.717
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.24, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-209- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	hypothetical protein 分子量: 11896.090 Da / 分子数: 2 / 断片: pag5_736 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZYK2

-
非ポリマー , 6種, 95分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 8000, lithium sulphate, acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU RU200	1	1.5418
シンクロトロン	ALS	8.2.2		2	1.1271

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS IV	1	IMAGE PLATE	2003年6月6日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2003年7月12日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Osmic Confocal Max-Flux	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Double crystal Si(1 1 1)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	1.1271	1

反射

解像度: 1.6→90 Å / Num. all: 28068 / Num. obs: 28068 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.125

反射シェル

解像度: 1.6→1.66 Å / R_merge(I) obs: 0.495 / Num. unique all: 2174 / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
CNS		精密化

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.6→28.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2.36 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23507	1409	5 %	RANDOM
R_work	0.18409	-	-	-
all	0.18665	26648	-	-
obs	0.18665	26648	95.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.53 Å²	0 Å²	-1.46 Å²
2-	-	2.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1614	0	47	89	1750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.27	2.007	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.508	3	3736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.855	5	196
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	301
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.24	0.2	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.2	982
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.256	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.284	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.199	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.368	1.5	993
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.416	2	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.494	3	709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.596	4.5	640

LS精密化シェル

解像度: 1.601→1.642 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.419	65
R_work	0.378	1420
obs	-	1485

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9815	-0.7112	0.606	0.9589	-0.0885	2.0589	0.0291	-0.1462	-0.058	0.0465	-0.0552	0.0024	-0.0442	-0.0382	0.0261	0.0606	-0.0267	0.0087	0.0499	-0.0029	0.0423	-3.4052	5.8163	14.3336
2	2.45	-0.239	2.473	0.9066	0.9159	4.9669	0.0072	0.2002	0.2309	-0.1544	-0.082	-0.0095	-0.2775	0.3111	0.0748	0.0933	-0.0222	-0.0153	0.0909	-0.017	0.0229	8.9255	11.6429	29.1303
3	0.8299	0.6253	0.1664	2.0489	0.8925	0.571	-0.0199	0.0393	-0.0009	0.0643	-0.0441	0.1017	-0.0733	-0.0495	0.064	0.0442	0.013	0.0076	0.0559	0.0056	0.0907	18.2733	18.9726	4.9588
4	-0.0485	-0.0097	-0.7576	1.3334	0.2545	2.6069	0.0052	-0.0228	-0.1188	0.101	0.0497	-0.0103	0.2048	0.0889	-0.0549	0.0633	0.0032	-0.0075	0.0715	0.0251	0.1005	13.6532	-0.2326	4.8688

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	71 - 97

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関連情報:EMDBヘッダ

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