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万見
- PDB-1rjw: CRYSTAL STRUCTURE OF NAD(+)-DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rjw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NAD(+)-DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS STRAIN LLD-R
要素Alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD / ZINC / ALCOHOL / DEHYDROGENASE / TETRAMER
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIFLUOROETHANOL / Alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Ceccarelli, C. / Bahnson, B.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure and Amide H/D Exchange of Binary Complexes of Alcohol Dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus: Insight into Thermostability and Cofactor Binding
著者: Ceccarelli, C. / Liang, Z.X. / Strickler, M. / Prehna, G. / Goldstein, B.M. / Klinman, J.P. / Bahnson, B.J.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994
タイトル: A few amino acid substitutions are responsible for the higher thermostability of a novel NAD(+)-dependent bacillar alcohol dehydrogenase
著者: Cannio, R. / Rossi, M. / Bartolucci, S.
履歴
登録2003年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase
B: Alcohol dehydrogenase
C: Alcohol dehydrogenase
D: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,36025
ポリマ－145,5374
非ポリマー1,82421
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.322, 138.222, 158.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.982286, -0.164488, -0.089765), (-0.173641, 0.618904, 0.766033), (-0.070447, 0.768051, -0.636502)10.98921, -15.75665, 35.37394
2given(-0.934762, 0.163742, -0.315293), (0.154038, -0.612913, -0.77499), (-0.320145, -0.772998, 0.547705)6.72099, 97.63541, 50.185
3given(0.910476, 0.028885, 0.412553), (0.033038, -0.99945, -0.002936), (0.412241, 0.016303, -0.910929)-17.92798, 81.60631, 77.342

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要素

#1: タンパク質
Alcohol dehydrogenase / ADH-HT


分子量: 36384.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: LLD-R / 遺伝子: ADH-HT / プラスミド: PRC17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RB791 / 参照: UniProt: P42328, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ETF / TRIFLUOROETHANOL / 2,2,2-トリフルオロエタノ-ル


分子量: 100.040 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3F3O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20MG/ML PROTEIN, 100MM HEPES, 12% TRIFLUOROETHANOL, 12% PEG 4000, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908 / 波長: 0.908 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→41.44 Å / Num. all: 55369 / Num. obs: 55369 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.769 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.35→2.37 Å / 冗長度: 4.696 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CCP4SUITEモデル構築
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: E. COLI NAD(+)-DEPENDENT TETRAMERIC ALCOHOL DEHYDROGENASE

解像度: 2.35→41.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 398738.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: RESTRAINTS FOR 222 NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY WERE APPLIED TO 2238 OF 2554 ATOMS IN EACH PROTEIN SUBUNIT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2596 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 51591 81.1 %-
all-51591 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.6042 Å2 / ksol: 0.353307 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.71 Å20 Å20 Å2
2--4.31 Å20 Å2
3---8.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→41.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10216 0 86 332 10634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.982.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED / Rms dev Biso : 1.718 Å2 / Rms dev position: 0.107 Å / Weight Biso : 2 / Weight position: 50
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 390 5.1 %
Rwork0.256 7239 -
obs-390 72.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ETF.PARAMETF.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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