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- PDB-1rio: Structure of bacteriophage lambda cI-NTD in complex with sigma-re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rio
タイトルStructure of bacteriophage lambda cI-NTD in complex with sigma-region4 of Thermus aquaticus bound to DNA
要素
  • (27-MER) x 2
  • Repressor protein CI
  • sigma factor SigA
キーワードtranscription/DNA / HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION ACTIVATION / transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of viral latency / latency-replication decision / positive regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / sigma factor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) ...LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Repressor protein cI / RNA polymerase sigma factor SigA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jain, D. / Nickels, B.E. / Sun, L. / Hochschild, A. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Structure of a ternary transcription activation complex.
著者: Jain, D. / Nickels, B.E. / Sun, L. / Hochschild, A. / Darst, S.A.
履歴
登録2003年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: 27-MER
T: 27-MER
H: sigma factor SigA
A: Repressor protein CI
B: Repressor protein CI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7747
ポリマ－47,6155
非ポリマー1582
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.256, 71.269, 77.199
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 UT

#1: DNA鎖 27-MER


分子量: 8293.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized
#2: DNA鎖 27-MER


分子量: 8302.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized

-
タンパク質 , 2種, 3分子 HAB

#3: タンパク質 sigma factor SigA


分子量: 8719.089 Da / 分子数: 1 / Fragment: Sigma region 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / プラスミド: pAO6 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9EZJ8
#4: タンパク質 Repressor protein CI


分子量: 11150.298 Da / 分子数: 2 / Fragment: cI-N-terminus domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 遺伝子: CI / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03034

-
非ポリマー , 3種, 178分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 295 K / pH: 4.6
詳細: MPD, Sodium Acetate, calcium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 4.60
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2Sodium Acetate11
3calcium chloride11
4H2O11
5Sodium Acetate12
6calcium chloride12
7H2O12
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
118 %1reservoir
220 mM1reservoirCaCl2
30.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
425 mg/mlprotein1drop
510 mMHEPES1droppH7.5
6150 mM1dropNaCl
70.1 mMEDTA1drop

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.97946 / 波長: 0.97938,0.97927,0.9648
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月15日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979461
20.979381
30.979271
40.96481
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 22889

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 8.884 / SU ML: 0.217 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.231
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1095 4.8 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.218 21761 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2000 1101 9 176 3286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0213256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3532.3944605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14335664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7453248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.58715402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02387
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2580.3753
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.250.32579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.5191
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0620.59
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2240.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2810.314
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2540.326
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0630.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0021.51243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87521969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.48132013
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5854.52636
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.312 82
Rwork0.26 1605
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.80871.0799-2.91962.2748-1.68215.57210.15470.06880.190.509-0.2417-0.0109-0.6450.04340.08690.3294-0.0975-0.11320.05690.03830.1899.2373.51949.397
21.5328-0.08850.59642.7038-1.0362.5977-0.08270.0909-0.00960.2496-0.1785-0.5632-0.090.21710.26120.0643-0.0640.0240.08640.04390.209513.01712.8524.936
33.9934-1.41933.78753.1282-2.44037.9750.2120.4873-0.6712-0.62340.34120.5680.7405-0.7041-0.55330.313-0.233-0.02780.3487-0.05540.169-8.9171.3421.956
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1TB1 - 101 - 10
2X-RAY DIFFRACTION1UA18 - 2718 - 27
3X-RAY DIFFRACTION1HC366 - 4261 - 61
4X-RAY DIFFRACTION2TB11 - 1611 - 16
5X-RAY DIFFRACTION2UA12 - 1712 - 17
6X-RAY DIFFRACTION2BE2 - 962 - 96
7X-RAY DIFFRACTION3TB17 - 2717 - 27
8X-RAY DIFFRACTION3UA1 - 111 - 11
9X-RAY DIFFRACTION3AD2 - 972 - 97
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.33
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.315 / Rfactor Rwork: 0.258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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