+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rhg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THE STRUCTURE OF GRANULOCYTE-COLONY-STIMULATING FACTOR AND ITS RELATIONSHIP TO THOSE OF OTHER GROWTH FACTORS | ||||||
要素 | GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR | ||||||
キーワード | GROWTH FACTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte differentiation / regulation of actin filament organization / Other interleukin signaling / positive regulation of actin filament polymerization / cellular response to cytokine stimulus / Interleukin-10 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) ...granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte differentiation / regulation of actin filament organization / Other interleukin signaling / positive regulation of actin filament polymerization / cellular response to cytokine stimulus / Interleukin-10 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / endocytic vesicle lumen / lysosomal lumen / cytokine activity / growth factor activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / response to ethanol / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / immune response / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Hill, C.P. / Osslund, T.D. / Eisenberg, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993 タイトル: The structure of granulocyte-colony-stimulating factor and its relationship to other growth factors. 著者: Hill, C.P. / Osslund, T.D. / Eisenberg, D. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Towards Automated Crystallization 著者: Osslund, T.D. / Luthy, R. / Cascio, D. / Eisenberg, D. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: Folding and Oxidation of Recombinant Human Granulocyte Colony Stimulating Factor Produced in Escherichia Coli. Characterization of the Disulfide-Reduced Intermediates and Cysteine-Serine Analogs 著者: Lu, H.S. / Clogston, C.L. / Narhi, L.O. / Merewether, L.A. / Pearl, W.R. / Boone, T.C. #3: ジャーナル: Science / 年: 1986 タイトル: Recombinant Human Granulocyte Colony-Stimulating Factor: Effects on Normal and Leukemic Myeloid Cells 著者: Souza, L.M. / Boone, T.C. / Gabrilove, J. / Lai, P.H. / Zsebo, K.M. / Murdock, D.C. / Chazin, V.R. / Bruszewski, J. / Lu, H. / Chen, K.C. / Barendt, J. / Platzer, E. / Moore, M.A.S. / Mertelsmann, R. / Welte, K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rhg.cif.gz | 107.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1rhg.ent.gz | 85.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rhg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rhg_validation.pdf.gz | 408 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1rhg_full_validation.pdf.gz | 420.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rhg_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rhg_validation.cif.gz | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/1rhg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/1rhg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18685.564 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09919 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.59 % | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS pH: 5.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 10735 / % possible obs: 93.3 % / Num. measured all: 50868 / Rmerge(I) obs: 0.056 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | Rfactor Rwork: 0.215 / Rfactor obs: 0.215 / 最高解像度: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.215 / Rfactor Rfree: 0.344 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|