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万見
- PDB-1rfu: Crystal structure of pyridoxal kinase complexed with ADP and PLP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rfu
タイトルCrystal structure of pyridoxal kinase complexed with ADP and PLP
要素pyridoxal kinase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxine kinase / Pyridoxamine kinase/Phosphomethylpyrimidine kinase / Phosphomethylpyrimidine kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Pyridoxal kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liang, D.-C. / Jiang, T. / Li, M.-H.
引用
ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2004
タイトル: Conformational changes in the reaction of pyridoxal kinase
著者: Li, M.-H. / Kwok, F. / Chang, W.-R. / Liu, S.-Q. / Lo, S.C.L. / Zhang, J.-P. / Jiang, T. / Liang, D.-C.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of Brain Pyridoxal Kinase, a Novel Member of the Ribokinase Superfamily
著者: Li, M.-H. / Kwok, F. / Chang, W.-R. / Lau, C.-K. / Zhang, J.-P. / Lo, S.C.L. / Jiang, T. / Liang, D.-C.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of pyridoxal kinase from sheep brain
著者: Li, M.-H. / Kwok, F. / An, X.-M. / Chang, W.-R. / Lau, C.-K. / Zhang, J.-P. / Liu, S.-Q. / Leung, Y.-C. / Jiang, T. / Liang, D.-C.
履歴
登録2003年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pyridoxal kinase
B: pyridoxal kinase
C: pyridoxal kinase
D: pyridoxal kinase
E: pyridoxal kinase
F: pyridoxal kinase
G: pyridoxal kinase
H: pyridoxal kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,80532
ポリマ－278,8878
非ポリマー5,91824
水4,810267
1
A: pyridoxal kinase
E: pyridoxal kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2018
ポリマ－69,7222
非ポリマー1,4806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area23490 Å2
手法PISA
2
B: pyridoxal kinase
F: pyridoxal kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2018
ポリマ－69,7222
非ポリマー1,4806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: pyridoxal kinase
H: pyridoxal kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2018
ポリマ－69,7222
非ポリマー1,4806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7070 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area23350 Å2
手法PISA
4
D: pyridoxal kinase
G: pyridoxal kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2018
ポリマ－69,7222
非ポリマー1,4806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.088, 109.088, 284.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
詳細The biological assembly is a homodimer. The eight monomers in the asymmetric unit form four such homodimers.

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要素

#1: タンパク質
pyridoxal kinase / Pyridoxine kinase


分子量: 34860.879 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: P82197, pyridoxal kinase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: ammonium sulphate, potassium phosphate, ADP, PLP, zinc acetate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月12日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 86300 / Num. obs: 75513 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 5131 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LHP

1lhp


解像度: 2.8→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: used least squares procedure for hemihedral twinning, with a twinning operation of "h,-k,-l", and a twinning fraction of 0.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 1971 -RANDOM
Rwork0.229 ---
all0.23 86300 --
obs0.23 75513 87.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19512 0 344 267 20123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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