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万見
- PDB-1rf8: Solution structure of the yeast translation initiation factor eIF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rf8
タイトルSolution structure of the yeast translation initiation factor eIF4E in complex with m7GDP and eIF4GI residues 393 to 490
要素
  • Eukaryotic initiation factor 4F subunit p150
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSLATION / Initiation factor / Protein biosynthesis / Translation regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / positive regulation of formation of translation preinitiation complex / Deadenylation of mRNA / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / mRNA cap binding / regulation of protein metabolic process / RNA 7-methylguanosine cap binding / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / mTORC1-mediated signalling ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / positive regulation of formation of translation preinitiation complex / Deadenylation of mRNA / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / mRNA cap binding / regulation of protein metabolic process / RNA 7-methylguanosine cap binding / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / mTORC1-mediated signalling / regulation of translational initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ATPase activator activity / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / cellular response to glucose starvation / stress granule assembly / translation initiation factor activity / ribosomal large subunit biogenesis / translational initiation / molecular condensate scaffold activity / P-body / cytoplasmic stress granule / regulation of cell cycle / ribosome / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
eIF4G, eIF4E-binding domain / Eukaryotic translation initiation factor 4G1, eIF4E-binding domain / eIF4G, eIF4e-binding domain superfamily / Eukaryotic translation initiation factor 4G1 / Initiation factor 4G / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. ...eIF4G, eIF4E-binding domain / Eukaryotic translation initiation factor 4G1, eIF4E-binding domain / eIF4G, eIF4e-binding domain superfamily / Eukaryotic translation initiation factor 4G1 / Initiation factor 4G / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Armadillo-type fold / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-MTN / Eukaryotic translation initiation factor 4E / Eukaryotic initiation factor 4F subunit p150
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR
データ登録者Gross, J.D. / Moerke, N.J. / von der Haar, T. / Lugovskoy, A.A. / Sachs, A.B. / McCarthy, J.E.G. / Wagner, G.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003
タイトル: Ribosome loading onto the mRNA cap is driven by conformational coupling between eIF4G and eIF4E.
著者: Gross, J.D. / Moerke, N.J. / von der Haar, T. / Lugovskoy, A.A. / Sachs, A.B. / McCarthy, J.E. / Wagner, G.
履歴
登録2003年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02024年3月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic initiation factor 4F subunit p150
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8147
ポリマ－35,2992
非ポリマー1,5165
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF4E / eIF-4E / mRNA cap-binding protein / eIF-4F 25 kDa subunit


分子量: 24211.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TIF45, CDC33, YOL139C / プラスミド: PET30a / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07260
#2: タンパク質 Eukaryotic initiation factor 4F subunit p150 / eIF4F p150 / eIF-4F p150 / mRNA cap-binding protein complex subunit p150


分子量: 11087.355 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 391-488 (SWS:P39935) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TIF4631, YGR162W / プラスミド: pGEX-2T / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39935
#3: 化合物
ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18NO3S2
#4: 化合物 ChemComp-M7G / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / m7GDP


分子量: 458.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O11P2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

詳細内容: 0.6 mM 1:1:1 m7GDP/eIF4E/eIF4G(393-490) complex / 溶媒系: 50 mM Sodium Phosphate 50 mM KCl 12 mM CHAPS
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851Brunger構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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