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- PDB-1rd4: An allosteric inhibitor of LFA-1 bound to its I-domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rd4
タイトルAn allosteric inhibitor of LFA-1 bound to its I-domain
要素Integrin alpha-L
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / integrin complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering ...memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / integrin complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / phagocytosis / specific granule membrane / cell adhesion molecule binding / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cell-cell adhesion / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / cell adhesion / inflammatory response / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. ...Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L08 / Integrin alpha-L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Crump, M.P. / Ceska, T.A. / Spyracopoulos, L. / Henry, A. / Archibald, S.C. / Alexander, R. / Taylor, R.J. / Findlow, S.C. / O'Connell, J. / Robinson, M.K. / Shock, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Structure of an allosteric inhibitor of LFA-1 bound to the I-domain studied by crystallography, NMR, and calorimetry
著者: Crump, M.P. / Ceska, T.A. / Spyracopoulos, L. / Henry, A. / Archibald, S.C. / Alexander, R. / Taylor, R.J. / Findlow, S.C. / O'Connell, J. / Robinson, M.K. / Shock, A.
履歴
登録2003年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-L
B: Integrin alpha-L
C: Integrin alpha-L
D: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5948
ポリマ－86,6804
非ポリマー1,9144
水00
1
A: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1482
ポリマ－21,6701
非ポリマー4791
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1482
ポリマ－21,6701
非ポリマー4791
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1482
ポリマ－21,6701
非ポリマー4791
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1482
ポリマ－21,6701
非ポリマー4791
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.960, 64.410, 66.210
Angle α, β, γ (deg.)74.21, 90.00, 87.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Integrin alpha-L / Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / Leukocyte function associated molecule 1 alpha ...Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / Leukocyte function associated molecule 1 alpha chain / CD11a


分子量: 21669.896 Da / 分子数: 4 / 断片: I Domain, residues 125-311 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAL, CD11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20701
#2: 化合物
ChemComp-L08 / 1-ACETYL-4-(4-{4-[(2-ETHOXYPHENYL)THIO]-3-NITROPHENYL}PYRIDIN-2-YL)PIPERAZINE


分子量: 478.563 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H26N4O4S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化pH: 4.6
詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月31日 / 詳細: Osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 26155 / Num. obs: 26155 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 8.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LFA

1lfa


解像度: 2.4→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.29 2615 Random
Rwork0.236 --
all0.245 26155 -
obs0.245 26155 -
原子変位パラメータBiso mean: 14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5916 0 136 0 6052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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