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- PDB-1rcy: RUSTICYANIN (RC) FROM THIOBACILLUS FERROOXIDANS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rcy
タイトルRUSTICYANIN (RC) FROM THIOBACILLUS FERROOXIDANS
要素RUSTICYANIN
キーワードMETALLOPROTEIN / COPPER CONTAINING PROTEIN / OXIDATION POTENTIAL / PH STABILITY / REDOX PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Rusticyanin / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Rusticyanin / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Rusticyanin / Rusticyanin
類似検索 - 構成要素
生物種Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / MULTIWAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Walter, R.L. / Friedman, A.M. / Ealick, S.E. / Blake II, R.C. / Proctor, P. / Shoham, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Multiple wavelength anomalous diffraction (MAD) crystal structure of rusticyanin: a highly oxidizing cupredoxin with extreme acid stability.
著者: Walter, R.L. / Ealick, S.E. / Friedman, A.M. / Blake 2nd., R.C. / Proctor, P. / Shoham, M.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Madprb: A New Suite of Programs for MAD Data Analysis Incorporating Robust Estimation, Maximum Likelihood and Bayesian Inference
著者: Friedman, A.M. / Fischmann, T.O. / Shamoo, Y. / Ealick, S.E.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995
タイトル: Complete 13C Assignments for Recombinant Cu(I) Rusticyanin. Prediction of Secondary Structure from Patterns of Chemical Shifts
著者: Toy-Palmer, A. / Prytulla, S. / Dyson, H.J.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: X-Ray Absorption Studies and Homology Modeling Define the Structural Features that Specify the Nature of the Copper Site in Rusticyanin
著者: Grossmann, J.G. / Ingledew, W.J. / Harvey, I. / Strange, R.W. / Hasnain, S.S.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance 15N and 1H Resonance Assignments and Global Fold of Rusticyanin. Insights Into the Ligation and Acid Stability of the Blue Copper Site
著者: Hunt, A.H. / Toy-Palmer, A. / Assa-Munt, N. / Cavanagh, J. / Blake II, R.C. / Dyson, H.J.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies of Rusticyanin from Thiobacillus Ferrooxidans
著者: Djebli, A. / Proctor, P. / Blake II, R.C. / Shoham, M.
#6: ジャーナル: Geomicrobiol.J. / 年: 1992
タイトル: Respiratory Components in Acidophilic Bacteria that Respire on Iron
著者: Blake II, R.C. / Shute, E.A. / Waskovsky, J. / Harrison Junior, A.P.
#7: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Amino Acid Sequence of the Blue Copper Protein Rusticyanin from Thiobacillus Ferrooxidans
著者: Ronk, M. / Shively, J.E. / Shute, E.A. / Blake II, R.C.
#8: ジャーナル: Adv.Protein Chem. / 年: 1991
タイトル: Copper Protein Structures
著者: Adman, E.T.
#9: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987
タイトル: Respiratory Enzymes of Thiobacillus Ferrooxidans. A Kinetic Study of Electron Transfer between Iron and Rusticyanin in Sulfate Media
著者: Blake II, R.C. / Shute, E.A.
#10: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1978
タイトル: The Purification and Some Properties of Rusticyanin, a Blue Copper Protein Involved in Iron(II) Oxidation from Thiobacillus Ferro-Oxidans
著者: Cox, J.C. / Boxer, D.H.
#11: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1975
タイトル: The Respiratory Chain of Thiobacillus Ferrooxidans: The Reduction of Cytochromes by Fe2+ and the Preliminary Characterization of Rusticyanin, a Novel 'Blue' Copper Protein
著者: Cobley, J.G. / Haddock, B.A.
履歴
登録1996年4月10日処理サイト: BNL
改定 1.01997年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RUSTICYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2612
ポリマ－16,1981
非ポリマー641
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.510, 60.670, 38.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RUSTICYANIN


分子量: 16197.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OXIDIZED FORM (CU(II))
由来: (組換発現) Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)
細胞内の位置: PERIPLASM / 参照: UniProt: P24930, UniProt: P0C918*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Djebli, A., (1992) J.Mol.Biol., 227, 581.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14.5 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium citrate1drop
3100 mMlithium chloride1drop
412.5 %(w/v)PEG80001drop
5100 mMsodium citrate1reservoir
6200 mMlithium chloride1reservoir
725 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年10月20日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 9167 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.9→2.05 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.0383 / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / % possible all: 63
反射
*PLUS
Num. measured all: 14468

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: MULTIWAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION / 解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 954 10 %
Rwork0.175 --
obs0.175 9098 82 %
原子変位パラメータBiso mean: 14.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1141 0 1 128 1270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.405
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.55
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.255
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / % reflection obs: 50 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.559
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.255

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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