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- PDB-1rco: SPINACH RUBISCO IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR D-XYLULOSE-2,2-DIOL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rco
タイトルSPINACH RUBISCO IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR D-XYLULOSE-2,2-DIOL-1,5-BISPHOSPHATE
要素(RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE) x 2
キーワードLYASE / CARBON-CARBON
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-XYLULOSE-2,2-DIOL-1,5-BISPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1 / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Taylor, T.C. / Andersson, I.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: A common structural basis for the inhibition of ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase by 4-carboxyarabinitol 1,5-bisphosphate and xylulose 1,5-bisphosphate.
著者: Taylor, T.C. / Fothergill, M.D. / Andersson, I.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Large Structures at High Resolution: The 1.6 A Crystal Structure of Spinach Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase Complexed with 2-Carboxyarabinitol Bisphosphate
著者: Andersson, I.
履歴
登録1996年10月31日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
S: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
B: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
C: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
E: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
F: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
H: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
I: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
K: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
M: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
O: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
P: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
R: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
T: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
V: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
W: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)541,61224
ポリマ－538,98716
非ポリマー2,6258
水34,3011904
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area109990 Å2
ΔGint-516 kcal/mol
Surface area119700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)220.600, 221.700, 115.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.968469, 0.213962, 0.127625), (0.213521, -0.976785, 0.01729), (0.128362, 0.010506, -0.991672)-15.4124, 105.5144, 60.9497
2given(0.000353, -0.994401, -0.105676), (0.999919, -0.000993, 0.012685), (-0.012719, -0.105672, 0.99432)-0.0842, 98.594, 4.5653
3given(-0.222218, 0.970791, 0.090465), (0.97053, 0.211374, 0.115725), (0.093222, 0.113516, -0.989153)-111.3166, 84.0224, 54.0894
4given(-0.993249, 0.005479, -0.115873), (0.005799, -0.99529, -0.096765), (-0.115858, -0.096784, 0.988539)-98.3414, 99.0034, -0.9606
5given(-0.975992, -0.217612, -0.009175), (-0.217656, 0.972892, 0.078143), (-0.008079, 0.078264, -0.9969)-89.6653, -11.9117, 50.7982
6given(0.003663, 0.999973, -0.006347), (-0.993949, 0.002944, -0.1098), (-0.109778, 0.006711, 0.993933)-98.4566, 0.5645, -5.7965
7given(0.216926, -0.975745, 0.029423), (-0.975965, -0.217422, -0.014844), (0.020881, -0.025496, -0.999457)6.4796, 9.5179, 57.3717
詳細THE DEPOSITORS PROVIDED CHAINS L AND S. THE OTHER CHAINS TO MAKE THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT WERE GENERATED BY THE PROTEIN DATA BANK USING THE MTRIX TRANSFORMATIONS BELOW.

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要素

#1: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE / RUBISCO


分子量: 52734.680 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: LEAF / 参照: UniProt: P00875, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE / RUBISCO


分子量: 14638.671 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: LEAF / 参照: UniProt: P00870, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: 糖
ChemComp-XDP / D-XYLULOSE-2,2-DIOL-1,5-BISPHOSPHATE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 328.105 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H14O12P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1904 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 11

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7.8
詳細: 15% PEG 4000, 25 MM HEPES PH 7.8, 10 MM CACL2, 0.2 M NACL, 50 MM NAHCO3, 20 MM XUBP
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
160 mg/mlprotein1drop
225 mMHEPES1drop
310 mM1dropCaCl2
450 mM1dropNaHCO3
520 mMXuBP1drop
615-16 %PEG40001reservoir
725 mMHEPES1reservoir
80.2 M1reservoirNaCl
950 mM1reservoirNaHCO3

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データ収集

回折平均測定温度: 279 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1990年6月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 217862 / % possible obs: 62.5 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 62.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 1519008
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 8RUC

8ruc


解像度: 2.3→7 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 10679 5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 205853 63 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.94 Å20 Å20 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3----3.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4682 0 19 238 4939
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.822
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.46
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 963 5 %
Rwork0.342 18380 -
obs--64.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2WAT.PARAWAT.TOP
X-RAY DIFFRACTION3XUBP_DIOL.PARAXUBP_DIOL.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.46
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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