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- PDB-1rc9: Crystal Structure of Stecrisp, a Member of CRISP Family from Trim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rc9
タイトルCrystal Structure of Stecrisp, a Member of CRISP Family from Trimeresurus Stejnegeri Refined at 1.6 Angstroms Resolution: Structual relationship of the two domains
要素cysteine-rich secretory protein
キーワードTOXIN / beta-alpha sandwich / double domains / short helixs motif
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Crisp domain / Cysteine-rich secretory protein / Cysteine-rich secretory protein, SCP domain / Crisp-like domain / Crisp / Venom allergen 5-like / CRISP family signature 2. / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related ...Crisp domain / Cysteine-rich secretory protein / Cysteine-rich secretory protein, SCP domain / Crisp-like domain / Crisp / Venom allergen 5-like / CRISP family signature 2. / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / ShKT domain / ShKT domain profile. / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine-rich venom protein
類似検索 - 構成要素
生物種Viridovipera stejnegeri (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Guo, M. / Teng, M. / Niu, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of cysteine-rich secretory protein stecrisp reveals the cysteine-rich domain has a K+-channel inhibitor-like fold.
著者: Guo, M. / Teng, M. / Niu, L. / Liu, Q. / Huang, Q. / Hao, Q.
履歴
登録2003年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cysteine-rich secretory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1531
ポリマ－25,1531
非ポリマー00
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.381, 78.421, 106.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-398-

HOH

21A-411-

HOH

31A-444-

HOH

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要素

#1: タンパク質 cysteine-rich secretory protein / stecrisp


分子量: 25153.078 Da / 分子数: 1 / 断片: residue 13-233 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Viridovipera stejnegeri (ヘビ) / 器官: venom gland / 参照: UniProt: P60623
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: PEG 4000, sodium acetate, Tris-HCl, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS A110.9363
シンクロトロンBSRF 3W1A21.75
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2003年1月1日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE2003年7月1日
放射プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.93631
21.751
反射解像度: 1.6→33 Å / Num. all: 34039 / Num. obs: 34039 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.28 / Num. unique all: 1571 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AUTOMARデータ削減
SHELX位相決定
SHARP位相決定
直接法位相決定
SOLOMON位相決定
ARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→32.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2655338.29 / Data cutoff high rms absF: 2655338.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 3399 10 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.192 34039 --
obs0.192 34039 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.0572 Å2 / ksol: 0.404396 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-33 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1756 0 0 225 1981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 328 10.1 %
Rwork0.304 2918 -
obs-3247 95.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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