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万見
- PDB-1rc8: T4 Polynucleotide Kinase bound to 5'-GTCAC-3' ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rc8
タイトルT4 Polynucleotide Kinase bound to 5'-GTCAC-3' ssDNA
要素
  • 5'-D(*GP*TP*CP*AP*C)-3'
  • Polynucleotide kinase
キーワードTRANSFERASE/DNA / KINASE / PHOSPHATASE / ALPHA/BETA / P-LOOP / ssDNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxynucleotide 3'-phosphatase / deoxynucleotide 3'-phosphatase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / DNA repair / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Polynucleotide kinase PNKP phosphatase domain / Polynucleotide kinase PNKP, C-terminal phosphatase domain / AAA domain / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...: / Polynucleotide kinase PNKP phosphatase domain / Polynucleotide kinase PNKP, C-terminal phosphatase domain / AAA domain / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / Polynucleotide kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Eastberg, J.H. / Pelletier, J. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004
タイトル: Recognition of DNA substrates by T4 bacteriophage polynucleotide kinase.
著者: Eastberg, J.H. / Pelletier, J. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2003年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*C)-3'
A: Polynucleotide kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2605
ポリマ－36,7152
非ポリマー5453
水1,06359
1
B: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*C)-3'
A: Polynucleotide kinase
ヘテロ分子

B: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*C)-3'
A: Polynucleotide kinase
ヘテロ分子

B: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*C)-3'
A: Polynucleotide kinase
ヘテロ分子

B: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*C)-3'
A: Polynucleotide kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,04020
ポリマ－146,8588
非ポリマー2,18212
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)82.170, 92.061, 123.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-536-

HOH

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要素

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DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*CP*AP*C)-3'


分子量: 1480.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Polynucleotide kinase / 2.7.1.78 / PNK / Polynucleotide 5'-hydroxyl- kinase


分子量: 35234.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: PSET / プラスミド: pAll17 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06855, polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase

-
非ポリマー , 4種, 62分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, Potassium Chloride, MES, Tris, ATP, DTT, EDTA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2KCl11
3MES11
4TRIS11
5DTT11
6EDTA11
7KCl12
8MES12
9TRIS12
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Galburt, E.A., (2002) Structure, 10, 1249.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMTris1droppH7.4
250 mM1dropKCl
31 mMdithiothreitol1drop
40.1 mMEDTA1drop
50.1 mMATP1drop
61 mg/mlprotein1drop
75-10 %PEG40001reservoir
80-5 mM1reservoirpH6.5
91

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月18日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 11117 / Num. obs: 11117 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 91.6
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / 冗長度: 5-6 / Num. measured all: 92826
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.6 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LTQ

1ltq


解像度: 2.75→38.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 161032.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1112 10.3 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.23 11117 --
obs0.23 10827 86.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.4922 Å2 / ksol: 0.328913 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8 Å20 Å20 Å2
2--7.46 Å20 Å2
3----5.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→38.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2297 58 22 59 2436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it10.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.462.5
LS精密化 シェル最高解像度: 2.75 Å / Total num. of bins used: 6 /
反射数%反射
Rwork1493 -
Rfree-12.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMLIGAND.TOP
X-RAY DIFFRACTION4LIGAND.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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