[日本語] English
万見
- PDB-1rc6: Crystal structure of protein Ylba from E. coli, Pfam DUF861 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rc6
タイトルCrystal structure of protein Ylba from E. coli, Pfam DUF861
要素Hypothetical protein ylbA
キーワードstructural genomics / unknown function / NYSGXRC / SGX clone name 3174c1TCt3b1 / target T1521 / Hypothetical protein Ylba from E.Coli / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-ureidoglycine aminohydrolase / ureidoglycine aminohydrolase activity / purine nucleobase metabolic process / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
(S)-ureidoglycine aminohydrolase / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, C-terminal cupin domain / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, N-terminal cupin domain / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, cupin domain / EutQ-like cupin domain / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold ...(S)-ureidoglycine aminohydrolase / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, C-terminal cupin domain / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, N-terminal cupin domain / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, cupin domain / EutQ-like cupin domain / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(S)-ureidoglycine aminohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Thirumuruhan, R. / Ramagopal, U.A. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Ylba, hypothetical protein from E.Coli
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Thirumuruhan, R. / Ramagopal, U.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2003年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein ylbA
B: Hypothetical protein ylbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5092
ポリマ－57,5092
非ポリマー00
水00
1
A: Hypothetical protein ylbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7541
ポリマ－28,7541
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein ylbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7541
ポリマ－28,7541
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Hypothetical protein ylbA
B: Hypothetical protein ylbA

A: Hypothetical protein ylbA
B: Hypothetical protein ylbA

A: Hypothetical protein ylbA
B: Hypothetical protein ylbA

A: Hypothetical protein ylbA
B: Hypothetical protein ylbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,0358
ポリマ－230,0358
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area22670 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area70540 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)109.026, 109.026, 136.612
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number79
Space group name H-MI4
詳細The biological assembly is a monomer

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein ylbA


分子量: 28754.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YLBA, GLXB6, B0515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P75713

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.426 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.72 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7
詳細: DL-Malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.0K, pH 7.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.98, 0.97934, 0.97911, 0.97166
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月22日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
20.979341
30.979111
40.971661
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 22935 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1100 4.9 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 22935 93.6 %-
all-22935 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODE / Bsol: 33.9517 Å2 / ksol: 0.339398 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3760 0 0 0 3760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.871.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.42.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 114 4.6 %
Rwork0.361 1178 -
obs--73 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PROTEIN_REP.PARAM

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る