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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rc2 | ||||||
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タイトル | 2.5 Angstrom Resolution X-ray Structure of Aquaporin Z | ||||||
![]() | Aquaporin Z | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / aquaporin | ||||||
機能・相同性 | ![]() intracellular water homeostasis / water transport / water channel activity / response to osmotic stress / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Savage, D.F. / Egea, P.F. / Robles, Y.C. / O'Connell III, J.D. / Stroud, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Architecture and selectivity in aquaporins: 2.5 a X-ray structure of aquaporin Z 著者: Savage, D.F. / Egea, P.F. / Robles-Colmenares, Y. / O'Connell III, J.D. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 526.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 536.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1j4nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23717.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-BGL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.82 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: polyethylene glycol, monomethyl ether 2000, 100mM sodium cacodylate, 200mM MgCl2, 4% isopropanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 9 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 27408 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique all: 2401 / % possible all: 77.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 89.9 % / Num. measured all: 58536 / Rmerge(I) obs: 0.0638 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1J4N 解像度: 2.5→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 66.9 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 6.9 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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