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万見
- PDB-1rc2: 2.5 Angstrom Resolution X-ray Structure of Aquaporin Z -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rc2
タイトル2.5 Angstrom Resolution X-ray Structure of Aquaporin Z
要素Aquaporin Z
キーワードMEMBRANE PROTEIN / aquaporin
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular water homeostasis / water transport / water channel activity / response to osmotic stress / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aquaporin Z / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Savage, D.F. / Egea, P.F. / Robles, Y.C. / O'Connell III, J.D. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2003
タイトル: Architecture and selectivity in aquaporins: 2.5 a X-ray structure of aquaporin Z
著者: Savage, D.F. / Egea, P.F. / Robles-Colmenares, Y. / O'Connell III, J.D. / Stroud, R.M.
履歴
登録2003年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Aquaporin Z
A: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6056
ポリマ－47,4352
非ポリマー1,1694
水2,342130
1
B: Aquaporin Z
ヘテロ分子

B: Aquaporin Z
ヘテロ分子

B: Aquaporin Z
ヘテロ分子

B: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,54920
ポリマ－94,8714
非ポリマー4,67816
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
Buried area15330 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area28800 Å2
手法PISA, PQS
2
A: Aquaporin Z


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7181
ポリマ－23,7181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Aquaporin Z

A: Aquaporin Z

A: Aquaporin Z

A: Aquaporin Z


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8714
ポリマ－94,8714
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation3_645-y+1,x-1,z1
crystal symmetry operation4_665y+1,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.550, 93.550, 80.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1054-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aquaporin Z / Bacterial nodulin-like intrinsic protein


分子量: 23717.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: AQPZ, BNIP, B0875, C1009, SF0832, S0873 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P60844
#2: 糖
ChemComp-BGL / 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose / 2-O-octyl-beta-D-glucose / 2-O-octyl-D-glucose / 2-O-octyl-glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-D-Glcp2octylIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.82 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: polyethylene glycol, monomethyl ether 2000, 100mM sodium cacodylate, 200mM MgCl2, 4% isopropanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
228 %PEG2000 MME1reservoir
3100 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5
4200 mM1reservoirMgCl2
54 %isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 9 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 27408 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique all: 2401 / % possible all: 77.7
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 89.9 % / Num. measured all: 58536 / Rmerge(I) obs: 0.0638
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J4N

1j4n


解像度: 2.5→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 1504 -
Rwork0.227 --
all-24157 -
obs-21720 89.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 66.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3320 0 80 130 3530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 246 -
Rwork0.313 --
obs-3374 90.7 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 6.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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